Cụ thể, chuyến bay VN5311 sử dụng máy bay B787-868 từ Narita (Nhật Bản) về Hà Nội, khởi hành lúc 10 giờ 30 (giờ địa phương) ngày 5-1, gồm 15 thành viên tổ bay (12 tiếp viên và 3 phi công), trong đó có 2 cơ trưởng cùng 47 hành khách.
Khoảng 11 giờ 10 (giờ địa phương), Chi nhánh Vietnam Airlines tại Nhật Bản nhận được 1 cuộc điện thoại từ đối tượng giọng nam giới tự xưng là người Mỹ, nói tiếng Nhật. Đối tượng này đe doạ: “Chuyến bay VN5311 tốt nhất là quay lại Narita, nếu không sẽ bị bắn hạ khi bay qua Vịnh Tokyo”.
Khi nhân viên nhận điện thoại hỏi: “Ông có thể nói lại điều ông vừa nói được không?” thì người đàn ông trả lời: “Tôi đang chuẩn bị bắn VN5311 khi bay qua Vịnh Tokyo, tốt nhất nên quay lại”.
Thời điểm này, chuyến bay VN5311 đã bay được khoảng 40 phút và chuẩn bị bay qua Vịnh Tokyo. Ngay sau đó, Chi nhánh VNA tại Nhật Bản đã báo cáo nhanh vụ việc về Vietnam Airlines, đồng thời báo cáo vụ việc cho Nhà chức trách Nhật Bản, Cục Hàng không Việt Nam và các cơ quan chức năng của Bộ Công an.
Trên cơ sở báo cáo của Vietnam Airlines, Cục Hàng không Việt Nam đã báo cáo Bộ trưởng Bộ GTVT, Phó Thủ tướng Thường trực Phạm Bình Minh - Chủ tịch Ủy ban An ninh hàng không dân dụng quốc gia.
Được sự đồng ý của Phó Thủ tướng Thường trực Phạm Bình Minh, Bộ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Văn Thể, Cục trưởng Cục Hàng không Việt Nam đã chỉ đạo Vietnam Airlines xin phép Nhà chức trách hàng không Nhật Bản chuyển hướng máy bay hạ cánh xuống sân bay Fukuoka, Nhật Bản.
Khoảng 13 giờ 02 (giờ địa phương), chuyến bay VN5311 đã hạ cánh an toàn xuống sân bay Fukuoka, Nhật Bản. Nhà chức trách và cảnh sát sân bay Fukuoka sau đó lên tàu bay kiểm tra sơ bộ tình hình, nhưng không áp dụng các biện pháp an ninh và cho phép máy bay được đỗ tại sân bay Fukuoka trong khoảng 2 giờ để xem xét, đánh giá thông tin, cũng như sự an toàn của chuyến bay.
Khoảng 14 giờ 30 (giờ địa phương), sau khi xác định chuyến bay an toàn, không có dấu hiệu bất thường, nhà chức trách và cảnh sát sân bay Fukuoka thông báo cho phép chuyến bay VN5311 khởi hành về Hà Nội.
Đến 18 giờ 12 phút (giờ Việt Nam) ngày 5-1, chuyến bay VN5311 đã hạ cánh an toàn xuống Cảng hàng không quốc tế Nội Bài.
Hiện vụ việc đang được tiến hành điều tra.