Tuy nhiên, khó khăn mà thành phố gặp phải là nguồn phát sinh, hoạt động thu gom và vận chuyển, tái sử dụng và xử lý chưa được thống kê cũng như quản lý đầy đủ. Tùy loại bùn thải mà thành phần cũng như tính nguy hại cũng rất khác nhau.
Đơn cử, bùn thải của nhà máy xử lý nước thải là hỗn hợp của nước và cặn lắng có chứa nhiều chất hữu cơ có khả năng phân hủy, dễ bị thối rữa và có các vi khuẩn có thể gây độc hại cho môi trường.
Hay như bùn thải từ bể lắng của nhà máy xử lý nước sinh hoạt chứa nhiều chất hữu cơ chưa được phân hủy hoàn toàn và bùn hoạt tính có dạng bông, các chất hữu cơ đã được phân hủy một phần chứa rất nhiều vi sinh vật. Còn bùn thải từ hệ thống xử lý nước thải công nghiệp nhiễm chất thải nguy hại có thành phần phụ thuộc vào ngành sản xuất công nghiệp…
Việc thu gom, vận chuyển và xử lý bùn thải hiện cũng đang phân tán rất khó quản lý. Theo đó, Trung tâm Điều hành Chương trình chống ngập nước TPHCM là chủ đầu tư các dự án cải tạo, nạo vét kênh mương, chịu trách nhiệm quản lý việc nạo vét và thu gom bùn thải từ các tuyến kênh cấp 1; còn Công ty TNHH MTV Thoát nước đô thị TPHCM chịu trách nhiệm nạo vét, thu gom, vận chuyển bùn thải từ các tuyến cống cấp 2 và cấp 3.
Công ty Dịch vụ công ích hoặc Công ty Công trình công cộng các quận huyện chịu trách nhiệm nạo vét và thu gom bùn thải từ các tuyến cống cấp 4. Về xử lý bùn thải, hiện Công ty TNHH Công nghệ sinh học Sài Gòn Xanh tiếp nhận và vận chuyển, xử lý bùn thải các loại… Ngoài ra, còn có một số công ty tư nhân khác do Bộ TN-MT và Sở TN-MT TPHCM cấp phép.
Tình trạng trên tồn tại nhiều năm nay. Do đó, để tăng cường kiểm soát chặt nguồn thải này, trong thời gian tới Sở TN-MT TPHCM tiến hành rà soát tổng thể nguồn thải, từ đó đề xuất UBND TP giải pháp tổng thể cho hoạt động thu gom, xử lý, tránh phân tán và manh mún như hiện nay, giảm thiểu nguy cơ phát tán chất thải ra ngoài, gây ô nhiễm môi trường sống của người dân
