Thực tế thời gian qua cho thấy, việc hợp tác giữa các cảng chưa rõ nét. Trong khi cụm cảng Cát Lái, TPHCM quá tải thì cụm cảng Cái Mép - Thị Vải ở tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu với gần 30 năm hình thành, phát triển mới chỉ khai thác được hơn 51% công suất thiết kế. Hậu quả, trong nhiều thời điểm, đã có cảng biển “kêu trời” vì bị phá giá phí neo đậu tàu. Chưa hết, sự quá tải ở cụm cảng biển Cát Lái đã gây áp lực nặng nề lên hệ thống hạ tầng giao thông TPHCM, trong khi đó Bà Rịa - Vũng Tàu với lợi thế đất đai rộng lớn, có thể hình thành nên các trung tâm logistics, phát triển hạ tầng đồng bộ… thì lại chưa được khai thác hiệu quả.
Còn tại khu vực đồng bằng sông Cửu Long, trong khi ngân sách Nhà nước đang đầu tư hơn 200 triệu USD để làm luồng cho tàu lớn vào sông Hậu, đến cảng Cái Cui, TP Cần Thơ qua cửa biển Định An thì sát nách là cửa biển Trần Đề đang được nghiên cứu đầu tư cảng nước sâu tỷ USD ở tỉnh Sóc Trăng.
Giải quyết những tồn tại này chắc chắn không thể chỉ trông chờ vào sự cam kết của các cảng biển, nhất là khi hiệu quả hoạt động của các cảng hiện nay vẫn gắn với hiệu quả hoạt động của địa phương. Và căn bệnh “GDP địa phương” như TS Trần Du Lịch từng gọi tên, trong thời gian qua đã là một trong những trở ngại lớn trong việc hợp tác giữa các địa phương, trong đó có hoạt động cảng biển. Ngay chính hội chuyên ngành là Hiệp hội Cảng biển Việt Nam cũng cho rằng, nên chăng nghiên cứu mô hình chính quyền cảng khu vực như nhiều nước để giải quyết các vấn đề trên.
Theo đó, cơ quan quản lý cảng biển có thẩm quyền luật định trong quản lý cạnh tranh, điều tiết giá phí trên cơ sở hài hòa lợi ích của các cảng. Đây là điều kiện quan trọng để các cảng phải thực thi nghiêm túc các cam kết của mình, đồng thời cũng giúp các địa phương hợp tác với nhau chặt chẽ hơn trong phát triển chung, trong đó có khai thác cảng biển. Về phía các hãng tàu, theo Hiệp hội Logistics TPHCM, các hãng tàu lớn nước ngoài cũng luôn muốn được duy trì và mở rộng dịch vụ ổn định tại các cảng biển Việt Nam.
Như vậy, một sự ổn định, hợp tác cùng phát triển cũng là mong muốn chung của chính các cảng biển, các doanh nghiệp kinh doanh trong lĩnh vực này. Các địa phương chắc chắn cũng không có quan điểm khác, đặc biệt đối với TPHCM, phát biểu của đại diện Sở GTVT TPHCM đã khẳng định rất rõ. Vì vậy, cần sớm nghiên cứu, ban hành mô hình quản lý cảng biển một cách hiệu quả, khắc phục được những bất cập hiện nay.