Tuy nhiên thực tế, công tác giám định pháp y nói chung và pháp y tâm thần nói riêng còn nhiều bất cập, thậm chí có không ít tiêu cực, vi phạm pháp luật, gây bức xúc dư luận và ảnh hưởng tới việc thực thi pháp luật. Mới đây tại hội nghị sơ kết hoạt động pháp y, pháp y tâm thần do Bộ Y tế tổ chức, Thứ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Viết Tiến đã thẳng thắn chỉ rõ, nếu kết luận giám định không đúng, thiếu khách quan và không chính xác có thể dẫn đến giải quyết vụ việc không thỏa đáng, bỏ sót tội phạm hoặc oan sai cho người vô tội, gây hậu quả nặng nề và nghiêm trọng.
Hàng năm, hệ thống pháp y ngành y tế giám định khoảng 50.000 vụ việc và cơ bản đáp ứng tốt theo trưng cầu của các cơ quan tiến hành tố tụng. Theo ông Nguyễn Đức Nhự, Viện trưởng Viện Pháp y quốc gia (Bộ Y tế), trong hơn 6 tháng đầu năm 2018, các đơn vị pháp y ngành y tế đã giám định trên 26.600 vụ việc, bao gồm các loại hình giám định như: tử thi, thương tích, tình dục, ADN, hóa pháp, mô bệnh học... Một số loại hình giám định khác cũng được cơ quan trưng cầu thường xuyên như giám định hài cốt, tuổi, giám định trên hồ sơ, hung khí, cơ chế gây thương tích. Về pháp y tâm thần, ông Dương Văn Lương, Phó Viện trưởng Viện Pháp y tâm thần Trung ương (Bộ Y tế), cho biết cũng trong thời gian này, ngành giám định pháp y tâm thần đã thực hiện 376 trường hợp cho các vụ án hình sự; giám định sức khỏe tâm thần 306 trường hợp và giám định sức khỏe tâm thần sau điều trị bắt buộc chữa bệnh 36 trường hợp.
Tuy nhiên, đáng chú ý là sau khi có kết quả giám định, nhiều đơn vị pháp y nhận được đơn đề nghị, kiến nghị, khiếu nại, tố cáo liên quan đến quá trình giám định, kết luận giám định. Đặc biệt chỉ trong vòng 2 năm qua, ở tuyến địa phương, các trung tâm pháp y đã nhận được tới 65 đơn thư liên quan đến giám định, như đề nghị xem xét lại kết quả giám định hoặc đề nghị giám định lại, khiếu nại về kết quả tỷ lệ phần trăm tổn thương cơ thể, tố cáo việc thực hiện chưa đúng quy trình giám định. Việc này khiến dư luận đặt dấu hỏi về năng lực giám định pháp y của ngành y tế. Mới đây, sau khi Công an Hà Nội phanh phui đường dây “chạy” bệnh án tâm thần cho tội phạm, với việc bắt giữ 2 cán bộ y tế của Bệnh viện Tâm thần Trung ương 1 có liên quan tới việc làm giả hồ sơ bệnh án tâm thần, đã khiến dư luận xã hội không khỏi băn khoăn và bức xúc.
Đề cập tới những bất cập trong hoạt động pháp y, ông Nguyễn Đức Nhự thừa nhận, ngoài những khó khăn do thiếu cán bộ có chuyên môn, kinh nghiệm; cơ sở vật chất, trang thiết bị pháp y hạn chế… thì chưa có quy chế phối hợp giữa trung tâm pháp y cấp tỉnh với Phòng Kỹ thuật hình sự thuộc công an các tỉnh, thành phố, cơ quan liên quan trong việc tiếp nhận trưng cầu, thực hiện giám định pháp y tử thi. Qua vụ việc xảy ra tại Bệnh viện Tâm thần Trung ương 1 cho thấy, lỗ hổng lớn nhất trong công tác pháp y hiện nay chính là việc quản lý con người còn buông lỏng, đạo đức nghề nghiệp của một số cán bộ y tế suy thoái và quy trình quản lý, thực hiện hồ sơ bệnh án đối với bệnh nhân tâm thần không chặt chẽ.