Theo cáo trạng, khoảng tháng 9-2020, Phi sử dụng tài khoản Facebook “Phi Kim” kết bạn với một số tài khoản Facebook là thành viên của tổ chức gọi là “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời” do đối tượng Đào Minh Quân cầm đầu và tham gia các hội, nhóm của tổ chức… Sau đó, thường xuyên theo dõi, bình luận, thích, chia sẻ các bài viết, video clip, hình ảnh có nội dung tuyên truyền chống phá Đảng, Nhà nước…
Cuối tháng 12-2020, Phi làm hồ sơ xin gia nhập tổ chức gọi là “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời” và tham gia họp trực tuyến với tổ chức nhiều lần, được các thành viên trao đổi, bàn bạc các vấn đề liên quan đến hoạt động của tổ chức, huấn luyện phương thức hoạt động...
Theo kết luận giám định của Sở TT-TT tỉnh An Giang, những video clip và các trang tài liệu thu giữ từ tài khoản Facebook của Phi, có những nội dung tuyên truyền chống phá Đảng, Nhà nước và có nội dung hoạt động nhằm lật đổ chính quyền.
Ngày 15-7-2021, Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh An Giang đã ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can và lệnh bắt bị can Phi để tạm giam. Đồng thời, ra lệnh khám xét chỗ ở của Phi, lực lượng chức năng thu giữ nhiều vật chứng liên quan.
Kết thúc phiên tòa, HĐXX tuyên phạt bị cáo Lê Thị Kim Phi 6 năm tù về thành vi “hoạt động nhằm lật đổ chính quyền nhân dân”.