Tổ trưởng Tổ công tác là Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà; Tổ phó Tổ công tác là Bộ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Văn Thắng, Bộ trưởng Bộ Xây dựng Nguyễn Thanh Nghị, Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội Trần Sỹ Thanh, Chủ tịch UBND TPHCM Phan Văn Mãi. Ngoài ra, còn có các ủy viên là lãnh đạo các bộ.
Tổ công tác thực hiện chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, đôn đốc, kiểm điểm các bộ, ngành, cơ quan có liên quan trong việc giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành, xử lý khó khăn vướng mắc, tháo gỡ cơ chế kịp thời nhằm đảm bảo tiến độ các dự án đường sắt đô thị triển khai trên địa bàn thành phố Hà Nội và TPHCM; giúp Thủ tướng Chính phủ điều phối, chỉ đạo triển khai thực hiện các dự án đường sắt đô thị Hà Nội và TPHCM đảm bảo tiến độ.
Bên cạnh đó, tổ công tác thường xuyên theo dõi, kiểm tra tình hình triển khai các dự án, chủ động và kịp thời hỗ trợ UBND thành phố Hà Nội, UBND TPHCM và các đơn vị liên quan thực hiện đảm bảo tiến độ theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.
Hàng tháng, tổ công tác đánh giá kết quả thực hiện, kịp thời phát hiện những tồn tại, vướng mắc, giải quyết hoặc báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, giải quyết theo thẩm quyền; nghiên cứu, đề xuất các giải pháp, giải quyết các khó khăn, vướng mắc trong chính sách để triển khai đầu tư các dự án do các đơn vị đề xuất, trình cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định; được tổ chức khảo sát, nghiên cứu học tập kinh nghiệm một số nước có đường sắt đô thị hiện đại và được mời các chuyên gia trong nước và quốc tế có kinh nghiệm. Bộ GTVT là cơ quan thường trực tổ công tác.
UBND thành phố Hà Nội và TPHCM có trách nhiệm báo cáo về tình hình thực hiện các dự án gửi cơ quan thường trực tổ công tác để tổng hợp định kỳ 1 tháng, đột xuất theo yêu cầu của tổ công tác. Tổ công tác có trách nhiệm báo cáo Thủ tướng Chính phủ về tình hình hoạt động của tổ công tác định kỳ 1 tháng, đột xuất theo yêu cầu của Thủ tướng Chính phủ.
