Các đoàn kiểm tra do lãnh đạo Cục Quản lý Khám chữa bệnh làm trưởng đoàn. Đoàn số 1 sẽ kiểm tra, khảo sát tình hình cung ứng, sử dụng thuốc, vật tư, trang thiết bị y tế tại các cơ sở khám chữa bệnh vùng đồng bằng sông Hồng, vùng trung du và miền núi phía Bắc (25 tỉnh, thành); đoàn số 2 kiểm tra vùng Bắc Trung bộ và duyên hải miền Trung (14 tỉnh, thành); đoàn số 3 kiểm tra vùng Tây Nguyên và Đông Nam bộ (11 tỉnh, thành); đoàn số 4 kiểm tra vùng ĐBSCL (13 tỉnh, thành).
Mỗi đoàn sẽ kiểm tra ít nhất 1 bệnh viện đa khoa tuyến tỉnh, 1 bệnh viện chuyên khoa tuyến tỉnh và 1 bệnh viện/trung tâm y tế huyện.