Siêu thị bày bán các mặt hàng thực phẩm, gia dụng, mỹ phẩm, thời trang miễn thuế nhập khẩu từ Mỹ, Australia, Thái Lan và hàng nội địa Việt Nam, trong đó hàng Việt Nam chất lượng cao chiếm khoảng 40%.
Tại đây, khách nội địa tham quan, khách du lịch có chứng minh nhân dân (CMND) được mua hàng miễn thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế giá trị gia tăng, với tổng hóa đơn mua hàng không quá 500.000 đồng/người/ngày, nên hàng hóa được giảm 10%-15% so với giá thị trường.
Sau một thời gian, xuất hiện tình trạng người dân mượn hoặc cho thuê giấy CMND, nhằm mua hàng miễn thuế, nhiều nhất là mặt hàng rượu, bia ngoại nhập. Thậm chí có trường hợp doanh nghiệp bắt tay với một số người thu gom hàng, khiến cửa khẩu Mộc Bài thành khu trung chuyển hàng lậu hoạt động hợp pháp.
Theo số liệu thống kê của Tổng cục Hải quan, bình quân mỗi ngày có trên 3.000 người sử dụng CMND và hộ chiếu để vào khu thương mại mua hàng, nhưng lượng khách du lịch mua sắm thực sự chỉ khoảng 1/3. Nhận thấy việc bán hàng miễn thuế rượu, bia... là những mặt hàng có giá trị lớn và phát sinh trốn thuế nên ngày 26-11-2013, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 72 không cho phép các siêu thị bán miễn thuế. Tiếp đó, ngày 15-8-2014, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 109 về việc hàng hóa chịu thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng ngay khi nhập khẩu từ nước ngoài vào khu phi thuế quan. Những chính sách mới này đã gần như xóa bỏ hoàn toàn các quyền lợi, ưu đãi phi thuế quan cho doanh nghiệp tại Khu kinh tế cửa khẩu Mộc Bài và đến ngày 5-5-2015, chuỗi siêu thị miễn thuế (gồm 32 đơn vị) chính thức đóng cửa.
5 năm kể từ khi ngưng hoạt động, các siêu thị bán hàng miễn thuế trên vẫn án binh bất động, bỏ trống mặt bằng, việc chuyển đổi công năng diễn ra rất chậm, gây lãng phí tài nguyên đất đai. Mặt bằng đất đai để hình thành chuỗi siêu thị ở Mộc Bài có thời hạn cho thuê là 50 năm, nhưng đến nay các nhà đầu tư đã thuê được 15 năm, vẫn loay hoay chưa biết sử dụng đất vào việc gì cho có hiệu quả.
