Tuy nhiên sau quá trình xét hỏi, Hội đồng xét xử đã tuyên hoãn phiên tòa để tiếp tục điều tra bổ sung, làm rõ vấn đề thiệt hại trong vụ án. Tòa cũng quyết định thay đổi biện pháp tạm giam, cho hai bị cáo trong vụ án được tại ngoại.
Hội đồng xét xử đề nghị giám định lại thời gian và giá trị sử dụng cầu Ghềnh, trên cơ sở đó xác định lại giá trị thiệt hại.
Bị cáo Phan Thế Thượng (63 tuổi, phường An Bình, thành phố Biên Hòa) bị Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Biên Hòa truy tố tội danh “đưa vào sử dụng các phương tiện giao thông đường thủy không đảm bảo an toàn” và “giao cho người không đủ điều kiện điều khiển các phương tiện giao thông đường thủy”.
Bị cáo Trần Văn Giang (36 tuổi, ngụ tỉnh Sóc Trăng) bị truy tố về tội “vi phạm quy định về điều khiển phương tiện giao thông đường thủy”.
Theo cáo trạng của VKSND thành phố Biên Hòa, khoảng 8 giờ ngày 19-3-2016, Phan Thế Thượng biết tàu kéo SG-3745 không đảm bảo an toàn kỹ thuật, biết Trần Văn Giang không có bằng thuyền trưởng nhưng vẫn giao cho Giang điều khiển tàu kéo đẩy sà lan SG-5984 chở cát từ sông Cổ Chiên (Trà Vinh) lên Đồng Nai.
Đến khoảng 11 giờ 30 phút ngày 21-3-2016, khi đến đoạn sông qua cầu, Giang không biết cách điều khiển phương tiện qua cầu an toàn nên đã để sà lan va chạm vào trụ cầu Ghềnh khiến cầu sập, tuyến đường sắt Bắc - Nam bị tê liệt.
Qua điều tra, cơ quan chức năng xác định, vụ việc trên đã gây thiệt hại trị giá hơn 21 tỷ đồng. Đại diện Tổng Công ty đường sắt Việt Nam đã yêu cầu các bị cáo và những người liên quan phải chịu trách nhiệm bồi thường số tiền gần 9 tỷ đồng.
