Theo kết luận thanh tra, 4 đơn vị đã được Chủ tịch UBND TPHCM chỉ đạo phải thực hiện 11 nội dung liên quan đến Công ty IPC. Trong đó, Công ty IPC thực hiện xong 6/8 nội dung, còn 2 nội dung đang thực hiện gồm liên quan đến dự án Khu dân cư Hiệp Phước 1 và nội dung liên quan đến thu hồi tiền về quỹ lương của công ty. Kết luận thanh tra chỉ rõ, trong số 9,9 tỷ đồng tiền lương chi sai, hiện Công ty IPC mới thu hồi được hơn 8,8 tỷ đồng, còn hơn 1,1 tỷ đồng chưa thu hồi được. Nguyên nhân do ông Bùi Vân Ảnh, nguyên Phó tổng giám đốc Công ty IPC và Bành Chí Quang, nguyên Kế toán trưởng Công ty IPC, đều đã nghỉ hưu và không hợp tác trong việc hoàn trả số tiền chi vượt nêu trên. Ngoài ra còn do Công ty IPC chưa tích cực trong công tác thu hồi nợ.
Riêng 3 đơn vị là Thanh tra TPHCM, Cục Thuế TPHCM và Sở Nội vụ TPHCM đã thực hiện dứt điểm các chỉ đạo của Chủ tịch UBND TPHCM (mỗi đơn vị 1 nội dung). Trong đó đáng chú ý là Thanh tra TPHCM đã chuyển hồ sơ cho Công an TPHCM điều tra làm rõ thêm dấu hiệu vi phạm pháp luật đối với việc Công ty IPC tự ý ký thỏa thuận khác ngoài hợp đồng thi công (hợp đồng trọn gói) để bù ngoài hợp đồng và chi tiền thanh toán cho Công ty Sino Pacific hơn 19 tỷ đồng khi chưa có ý kiến của các cơ quan có thẩm quyền và vượt giá chỉ định thầu đã được Sở GTVT TPHCM phê duyệt tại dự án xây dựng cầu Đồng Điền (huyện Nhà Bè).
Công ty IPC còn tự ý, tùy tiện sử dụng tiền (là tài sản của Nhà nước) thanh toán các khoản chi phí mua vật tư xây dựng cầu Đồng Điền và Tòa nhà IPC để thanh toán nợ vay ngân hàng thay cho Công ty cổ phần Đầu tư và Xây dựng số 8; thanh toán tiền cho Công ty Sino Pacific, Công ty cổ phần Đầu tư và Xây dựng số 8 (đơn vị thi công xây dựng cầu Đồng Điền và Tòa nhà IPC) không đúng theo tiến độ, khối lượng hoàn thành và không đúng thỏa thuận trong hợp đồng thi công. Trong đó, Công ty IPC đã thanh toán vượt giá trị chỉ định thầu, vượt giá trị hợp đồng, vượt giá trị quyết toán gói thầu thi công cầu Đồng Điền hơn 22,7 tỷ đồng; thanh toán vượt giá trị quyết toán đã được kiểm toán của công trình Tòa nhà IPC hơn 24,7 tỷ đồng. Theo kết luận thanh tra, những hành vi trên có dấu hiệu cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế, gây hậu quả nghiêm trọng, có khả năng làm thất thoát tài sản nhà nước; cần làm rõ việc không còn lưu giữ (hoặc mất mát) hồ sơ liên quan đến các gói thầu thuộc dự án nạo vét luồng Soài Rạp (huyện Nhà Bè).
Từ các kết luận nêu trên, Thanh tra TP kiến nghị UBND TPHCM có văn bản xử lý, chỉ đạo Công ty IPC có biện pháp đôn đốc thu hồi và chủ động xử lý nợ tồn đọng của ông Bùi Vân Ảnh và Bành Chí Quang theo quy định pháp luật.