Cáo trạng thể hiện, từ năm 2014 - 2019, bị can Bùi Quang Huy (Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường, hiện đang bỏ trốn) sử dụng hệ thống của doanh nghiệp để nhập lậu hơn 255.000 sản phẩm điện thoại di động, máy nghe nhạc, máy tính bảng, đồng hồ… với tổng giá trị hơn 2.900 tỷ đồng. Cơ quan truy tố xác định, thông qua việc buôn lậu, Công ty Nhật Cường đã bán được hơn 250.000 sản phẩm, thu hơn 3.000 tỷ đồng và qua đây hưởng lợi bất chính hơn 220 tỷ đồng.
Cũng trong thời gian trên, Bùi Quang Huy chỉ đạo nhân viên lập 2 hệ thống sổ sách kế toán gồm hệ thống ERP để theo dõi số liệu thực tế và hệ thống Misa ghi nhận báo cáo tài chính để khai báo với cơ quan quản lý nhà nước. Các hệ thống này có sự chênh lệch về số liệu; kết quả giám định, Công ty Nhật Cường đã trốn hơn 26,8 tỷ đồng tiền thuế giá trị gia tăng và hơn 3,1 tỷ đồng tiền thuế thu nhập doanh nghiệp.
Tài liệu từ Cục Thuế Hà Nội thể hiện giai đoạn 2014 – 2018, Công ty Nhật Cường có tổng tài sản hơn 500 tỷ đồng; tổng lợi nhuận trước thuế hơn hơn 4.800 tỷ đồng. Giai đoạn này, Nhật Cường đã nộp vào ngân sách hơn hơn 1.300 tỷ đồng tiền thuế thu nhập doanh nghiệp và 12 tỷ đồng thuế giá trị gia tăng.
Tuy nhiên, hệ thống bí mật ERP do Bùi Quang Huy và đồng phạm sử dụng thể hiện giai đoạn 2014 - 2018, doanh nghiệp này có tổng tài sản hơn 880 tỷ đồng, lợi nhuận trước thuế lên tới hơn 8.200 tỷ đồng.
Như vậy, 2 hệ thống kế toán của Nhật Cường có sự chênh lệch rất lớn. Sự chênh lệch giữa 2 hệ thống ERP và Misa dẫn tới việc Công ty Nhật Cường trốn hơn 29 tỷ đồng tiền thuế. Vì vậy, Viện kiểm sát truy tố Nguyễn Bảo Ngọc – Giám đốc tài chính Công ty Nhật Cường và Nguyễn Thị Bích Hằng – Kế toán trưởng Công ty Nhật Cường về tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”.
Tiếp tục phần xét hỏi, tại tòa, bị cáo Nguyễn Bảo Ngọc (Giám đốc tài chính Công ty Nhật Cường) phản đối cáo trạng và cho rằng bản thân chỉ phạm tội “Buôn lậu” bởi Ngọc chỉ sử dụng hệ thống ERP, không được sử dụng hệ thống Misa nên không thể lập các báo cáo thuế, báo cáo tài chính gửi cơ quan nhà nước.
Bị cáo Ngọc nói: “Tôi chỉ báo cáo anh Huy tình hình thu chi hằng ngày; không hỗ trợ kế toán trưởng, không xem xét yêu cầu cấp vốn, không hoạch định chính sách cho Công ty Nhật Cường”. Trong khi đó, việc vận hành 2 hệ thống phần mềm trên cũng được bị cáo Nguyễn Thị Bích Hằng (Kế Toán trưởng) thừa nhận làm theo chỉ đạo của Bùi Quang Huy.
Một số bị cáo cấp dưới của Bùi Quang Huy cho rằng, việc ra đời hệ thống phần mềm ERP xuất phát từ việc khi mở rộng mảng bán lẻ thường xuyên xảy ra mất mát tiền và hàng hóa. Việc này, bị can Huy chỉ đạo xây dựng hệ thống ERP để quản lý.
Trước đó, khai tại tòa, bị cáo Nguyễn Bảo Ngọc cho biết, đã trực tiếp sử dụng hệ thống ERP để duyệt thu, chi của công ty. Bản thân bị cáo Ngọc phụ trách việc quản lý thu tiền từ các đại lý bán hàng và chi tiền nhập hàng, mua bán, trả lương… Thừa nhận hành vi trước tòa, bị cáo Ngọc cho hay, đã dùng ERP từ năm 2013 và chi số tiền nhập khẩu hàng không hóa đơn trị giá hơn 2.900 tỷ đồng.
Trong đó, Ngọc chi cho bị cáo Ngô Xuân Sửu (Giám đốc Công ty Thanh Sơn) khoảng 200 tỷ đồng vì Sửu nằm trong đường dây cung cấp hàng lậu cho Bùi Quang Huy. Bị cáo Ngọc cũng là người thanh toán cho các nhà cung cấp có địa chỉ nước ngoài thông qua 2 tiệm vàng ở Hà Nội (thanh toán qua tiệm vàng Lộc Phát ở phố Hà Trung hơn 1.700 tỷ đồng; thanh toán qua tiệm vàng Thuận Phát ở phố Hàng Bạc hơn 790 tỷ đồng).
Do Bùi Quang Huy đang bỏ trốn nên cơ quan điều tra chưa đủ cơ sở xử lý 2 tiệm vàng trên.