Lý do kỷ luật là do chưa phát huy hết vai trò của người đứng đầu trong lãnh đạo, chỉ đạo, tổ chức thực hiện nhiệm vụ của cơ quan và chức trách của bản thân, để đơn vị do mình trực tiếp phụ trách xảy ra tình trạng mất đoàn kết. Trong công tác cán bộ còn chủ quan, chưa nghiên cứu kỹ các quy định để xảy ra sai phạm, tạo dư luận không tốt; thực hiện không nghiêm nghị quyết của chi bộ...
Trước đó, Báo SGGP có bài viết phản ánh việc ông Vân khai man thành tích và danh hiệu “Chiến sĩ thi đua cấp cơ sở” để được tặng bằng khen của Thủ tướng Chính phủ và Huân chương Lao động hạng ba. Sau đó, Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình đã yêu cầu Bộ Nội vụ kiểm tra, xử lý theo thẩm quyền và quy định của pháp luật và báo cáo Thủ tướng Chính phủ kết quả xử lý.