Cụ thể, đến nay số lượng thương nhân trở lại kinh doanh, sản lượng hàng hóa nhập chợ và khách mua hàng vào chợ còn thấp (dù đã hoạt động 100% công suất - PV), ngoài yếu tố do kiểm soát dịch Covid-19 còn do nguyên nhân chính là việc mua bán tự phát trái phép hàng hóa nông sản, thực phẩm trên tuyến đường Nguyễn Văn Linh, Quản Trọng Linh (trước cổng Trung tâm Thương mại Bình Điền) và trong các khu vực dân cư xung quanh vẫn diễn ra đông đúc, chưa được giải tỏa triệt để.
Việc mua bán tự phát trái phép này không phải chịu sự kiểm soát điều kiện phòng, chống dịch Covid-19 và nguồn gốc xuất xứ hàng hóa, không tuân thủ các quy định về vệ sinh an toàn thực phẩm; hơn nữa gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, ảnh hưởng đến việc lưu thông hàng hóa, gây mất an ninh trật tự, an toàn giao thông trước cổng chợ, vi phạm Quyết định số 64/2009/QĐ-UBND ngày 31-7-2009 về phê duyệt Quy hoạch kinh doanh nông sản, thực phẩm trên địa bàn TPHCM của UBND TP. Đây là vấn đề ảnh hưởng trực tiếp đến quyền lợi hợp pháp, chính đáng của thương nhân kinh doanh trong chợ, gây bức xúc và là nguyên nhân dẫn đến khiếu kiện đông người của thương nhân.
Hiện tại Chi cục Thuế quận 8, Kiểm toán Nhà nước khu vực IV đang tính tiền thuê đất cho chợ Bình Điền toàn bộ khu đất diện tích 247.500 m2 bao gồm cả đường giao thông, sân bãi, hành lang bảo vệ bờ sông… Cách tính tiền gộp chung này chưa hợp lý, các công trình công cộng như đường sá, sân, bãi, bờ kè,… đều được tính giá tiền thuê đất ngang bằng với mặt bằng kinh doanh và toàn bộ số tiền trên phải truy thu lại từ thương nhân. Do đó, các thương nhân phải chịu tiền thuê đất cho cả những phần diện tích công cộng trên với giá tính bằng điểm kinh doanh.
Bên cạnh đó, đơn giá thuê đất cũng có sự không hợp lý giữa chợ Bình Điền và các chợ đầu mối khác. Ví dụ, năm 2020 đơn giá thuê đất của chợ Bình Điền cao gấp 40 lần đơn giá thuê đất của chợ Hóc Môn (theo Thông báo của Chi cục Thuế quận 8, đơn giá thuê đất năm 2020 của chợ Bình Điền là 254.016 đồng/m²/năm. Đồng thời, theo Thông báo của Chi cục Thuế Hóc Môn, giá thuê đất của chợ đầu mối Hóc Môn là 6.348 đồng/m²/năm). Điều này gây bức xúc cho bà con thương nhân tại chợ Bình Điền vì rất nhiều thương nhân có kinh doanh tại cả 3 chợ đầu mối nên họ đều biết thông tin. Do đó, mọi chính sách truy thu tiền thuê đất cũ và áp dụng tiền thuê đất mới hiện nay ảnh hưởng rất lớn đến tâm lý kinh doanh thương nhân. Vấn đề này, Tổng Công ty Thương mại Sài Gòn (Satra) đã báo cáo, xin ý kiến chỉ đạo của UBND TPHCM nhưng chưa được trả lời. Vì vậy, công ty quản lý chợ đề nghị HĐND TPHCM xem xét, có ý kiến về việc tính giá tiền thuê đất hợp lý, kịp thời, giúp cho bà con thương nhân ổn định kinh doanh.
Bên cạnh đó, kiến nghị UBND TPHCM sớm triển khai chủ trương giao đất giai đoạn 2, dự án Trung tâm Thương mại Bình Điền, tạo điều kiện để Satra và Công ty chợ Bình Điền cập nhật và thực hiện các công trình đang tồn đọng từ trước đến nay do chưa có quyết định giao đất như: Dự án nâng cấp Trạm xử lý nước thải công suất từ 2.500m³ lên 5.000m³/ngày; Dự án xây dựng nhà lồng A kinh doanh trái cây, hoa nhằm điều chỉnh quy hoạch tổng thể Khu thương mại Bình Điền, tạo điều kiện thuận lợi cho chợ hoạt động ổn định và phát triển. Kiến nghị UBND TPHCM, Ban Quản lý Khu Nam, UBND quận 8 mở thêm đường dân sinh cho dân cư khu vực bến đò (đường Rạch Cát Bến Lức) với mục tiêu chợ Bình Điền hoàn toàn là chợ kín, công ty kiểm soát được toàn bộ khuôn viên và hoạt động của chợ; đảm bảo quản lý tốt các yêu cầu về phòng, chống dịch; an toàn vệ sinh thực phẩm và môi trường; an ninh trật tự, an toàn giao thông.