Theo đó, hiện nay xe buýt hoạt động trên nhiều tuyến như: Tuyến số 14 Bến xe miền Đông - đường 3 Tháng 2 - Bến xe miền Tây, tuyến số 56 Bến xe Chợ Lớn - Đại học Giao thông Vận tải… đang gặp rất nhiều khó khăn do việc tính trợ giá chưa hợp lý. Trên tuyến xe buýt 56, đơn vị vận tải đã đầu tư 100% phương tiện mới đạt tiêu chuẩn khí thải Euro 4, nhưng việc tính trợ giá không đủ chi phí tối thiểu cho đơn vị hoạt động.
Nhiều xã viên đã vay tiền để đầu tư xe lâm vào tình thế vô cùng khó khăn. Tương tự, xe buýt hoạt động trên tuyến 14 cũng đã được đầu tư mới 100% là loại xe Samco Isuzu B47, nhưng mức khoán của ngành chức năng quá cao, không đúng với thực tế khiến hoạt động của các xã viên trên tuyến gặp rất nhiều khó khăn. Liên hiệp HTX xe buýt TPHCM kiến nghị ngành chức năng xem xét lại việc tính trợ giá và mức khoán sản lượng đối với đơn vị theo hướng đúng, đủ, phù hợp với thực tế.
Được biết, những năm gần đây, hoạt động vận tải hành khách bằng xe buýt của TPHCM gặp rất nhiều khó khăn. Tình trạng ùn tắc giao thông đã làm cho phần lớn xe buýt không đảm bảo lộ trình, trong khi đó xe “ôm” công nghệ phát triển mạnh, cạnh tranh trực tiếp với xe buýt làm cho xe buýt gặp thêm nhiều khó khăn.