Theo ý kiến của UBND TPHCM về Đề án kết nối giao thông các tỉnh khu vực Đông Nam bộ và khu vực đồng bằng sông Cửu Long đến năm 2025, định hướng đến năm 2030, Trung ương cần ưu tiên nguồn vốn ngân sách và nguồn vốn ODA để đầu tư xây dựng các công trình giao thông trọng điểm, cũng như tập trung vốn cho công tác quy hoạch, xây dựng và phát triển hệ thống logistics, có sự kết nối với hệ thống giao thông cấp quốc gia và liên vùng, bao gồm hệ thống hạ tầng kỹ thuật hoàn chỉnh.
Đồng thời, thành lập một tổ hoặc bộ phận thuộc Văn phòng Chính phủ, do Thủ tướng trực tiếp chỉ đạo, gồm các chuyên gia chuyên trách, đại diện các bộ ngành và chủ tịch UBND các tỉnh, thành trong vùng là thành viên, có nhiệm vụ tham mưu Thủ tướng chỉ đạo, điều hành cấp vùng; thành lập Quỹ hội đồng vùng để duy trì và nâng cao hiệu quả liên kết vùng.
UBND TPHCM cũng kiến nghị Bộ Giao thông Vận tải cần đánh giá tổng thể về quy hoạch giao thông đối với tuyến LV1, nối khu vực cảng Hiệp Phước, huyện Nhà Bè, với khu vực liên cảng Cái Mép - Thị Vải, nhằm khép kín đường Vành đai 4 đi qua khu vực Rừng Sác, huyện Cần Giờ, TPHCM; tuyến LV8 kết nối từ thị xã Đồng Xoài, tỉnh Bình Phước với quốc lộ 55 tại huyện Tánh Linh, tỉnh Bình Thuận đi qua khu vực Vườn Quốc gia Nam Cát Tiên và Khu Bảo tồn thiên nhiên văn hóa Đồng Nai; xây dựng cầu vượt sông Gành Rái và cầu vượt sông Soài Rạp, kết nối tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu với tỉnh Long An và tỉnh Tiền Giang…
Lấy ý kiến của bộ ngành, địa phương liên quan do các tuyến này đi qua các khu vực bảo tồn, có địa chất, địa hình phức tạp; cập nhật các tuyến đường Vành đai 3, Vành đai 4 vào đề án kết nối giao thông mỗi vùng, cũng như có kế hoạch đầu tư tuyến đường sắt cao tốc TPHCM - Cần Thơ trong giai đoạn 2021-2025 và hoàn thành trong giai đoạn 2026-2030.