Theo đó, do đây là dự án có quy mô lớn (tổng vốn đầu tư 9.926 tỷ đồng), kỹ thuật phức tạp, có vai trò rất quan trọng trong việc giải quyết ngập cho thành phố, vì vậy, UBND TP kiến nghị và đề xuất Thủ tướng Chính phủ xem xét, chấp thuận chủ trì cuộc họp trong thời gian sớm nhất với các bộ ngành liên quan (Văn phòng Chính phủ, Bộ KH-ĐT, Bộ Tài chính, Bộ Tư pháp, Bộ NN-PTNT, Bộ Xây dựng, Ngân hàng Nhà nước, Kiểm toán Nhà nước, Hội đồng Kiểm tra công tác nghiệm thu Công trình xây dựng - Bộ NN-PTNT), TPHCM và Ngân hàng Thương mại cổ phần Đầu tư và Phát triển Việt Nam (BIDV) để giải quyết các khó khăn vướng mắc liên quan cho UBND TP và chủ đầu tư để đảm bảo dự án triển khai đúng quy định, đáp ứng tiến độ, đạt chất lượng.
Vào đầu tháng 5-2018, dự án chống ngập 10.000 tỷ đồng ngưng thi công nguyên nhân là do chưa hoàn thành một số thủ tục cần thiết để Ngân hàng Nhà nước thực hiện thủ tục tái cấp vốn. Nguyên nhân do BIDV - Chi nhánh Nam Sài Gòn đã dừng giải ngân cho dự án bởi UBND TP chưa ký xác nhận báo cáo thanh toán giải ngân của dự án (theo biểu Phụ lục 02A tại quyết định số 2240/QĐ-NHNN) để thực hiện thủ tục tái cấp vốn. Việc chậm xác nhận báo cáo cho vay từ phía UBND TP đã xảy ra từ tháng 9-2017.
Từ đó, nhà đầu tư dự án tạm ngừng triển khai thi công để phù hợp với việc tạm ngừng giải ngân từ phía ngân hàng cũng như phù hợp với các quy định về thông tin theo hợp đồng để ghi nhận việc gia hạn thời gian hoàn thành dự án trong những ngày tạm ngừng thi công giải quyết dứt điểm thủ tục giữa BIDV và UBND TP.
Dự án giải quyết ngập do triều khu vực TPHCM có xét đến yếu tố biến đổi khí hậu (giai đoạn 1) là một trong những dự án trọng yếu cho chương trình đột phá “Giảm ngập nước, ứng phó với biến đổi khí hậu, nước biển dâng” của TPHCM. Dự án còn giúp kiến tạo sự đổi thay hạ tầng và nâng cao chất lượng sống cho gần 7 triệu người dân của khu vực 570km2 thuộc bờ hữu sông Sài Gòn (quận 1, 4, 7, 8 và huyện Bình Chánh, Nhà Bè). Dự án được chia làm 7 hạng mục quan trọng gồm: 6 cống kiểm soát triều siêu lớn (Bến Nghé - Tân Thuận - Phú Xuân - Mương Chuối - Cây Khô - Phú Định) và 7km đê kè cùng các cống nhỏ bảo vệ những khu vực xung yếu. Theo UBND TP sau khi hoàn thành, dự án sẽ đạt được nhiều mục tiêu quan trọng chống ngập triều, điều tiết mực nước kênh rạch, hỗ trợ cải thiện quy hoạch của Thủ tướng Chính phủ về tổng thể hệ thống thoát nước TP, bảo đảm giao thông thủy và cải tạo cảnh quan, môi trường.
Tính đến ngày 31-7-2018, dự án đã thi công đạt 72% khối lượng. Tư vấn giám sát hợp đồng đã xác nhận giải ngân 3.483 tỷ đồng, trong đó chi phí xây lắp là 3.232 tỷ đồng (tương đương 46,5%). Giá trị đã giải ngân (bao gồm tạm ứng) là 4.840 tỷ đồng (vốn chủ sở hữu là 803 tỷ và vốn vay là 4.037 tỷ) và giá trị khối lượng hoàn thành là 5.690 tỷ đồng. Giá trị chưa được giải ngân là 850 tỷ đồng.
Dự án có tổng vốn đầu tư gần 10.000 tỷ đồng, được khởi công từ tháng 6-2016 và dự kiến hoàn thành dịp 30-4-2018. Tuy nhiên, ngoài việc giải ngân chậm, thời gian qua dự án bị chậm tiến độ do đến nay vẫn chưa giải quyết hết các trường hợp phải đền bù giải tỏa.