Theo hiệp hội, Luật số 34 được xây dựng trên tinh thần chuyển quyền đại diện chủ sở hữu các cơ sở giáo dục ĐH từ cơ quan chủ quản về nhà trường, hướng tới mỗi cơ sở giáo dục ĐH là một pháp nhân có đầy đủ quyền tự chủ. Luật quy định hội đồng trường (HĐT) là tổ chức quản trị đại diện quyền sở hữu của nhà trường.
Khoản 8 Điều 16 Luật số 34 quy định rõ chức năng, quyền hạn, tiêu chuẩn, nguyên tắc tổ chức, cách thức hoạt động của HĐT, đồng thời giao Chính phủ “quy định chi tiết quy trình, thủ tục thành lập, công nhận HĐT; việc công nhận miễn nhiệm, bãi nhiệm chủ tịch HĐT, bổ nhiệm, miễn nhiệm thành viên khác của HĐT”.
Tuy nhiên, sau gần 6 tháng Luật số 34 có hiệu lực mà Chính phủ vẫn chưa ban hành được nghị định hướng dẫn chi tiết thực hiện một số điều của luật này. Điều này gây khó khăn cho các cơ sở giáo dục ĐH, mà mấu chốt là việc công nhận HĐT chưa được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Mặt khác, bộ ngành, UBND tỉnh thành vẫn muốn quản lý trực tiếp mọi hoạt động của các trường ĐH trực thuộc trên các mặt tổ chức bộ máy, công tác cán bộ, tài chính, đầu tư và thậm chí cả về mặt học thuật.
Hậu quả là nhiều trường ĐH, kể cả trường công lập và trường dân lập, tư thục, vẫn chưa được công nhận HĐT, mặc dù các trường đã thực hiện thủ tục và quy trình theo đúng quy định tại các điều của Luật số 34 để thành lập HĐT từ 5 - 6 tháng nay. Do vậy, công tác quản lý của nhiều trường ĐH đang bị bỏ trống. Một số trường ĐH ở Tây Nam bộ, miền Trung gặp khó khăn bởi sự can thiệp quá sâu của chính quyền địa phương đến mọi hoạt động của trường trong điều kiện ngày một sụt giảm về quy mô, thách thức việc đảm bảo nguồn tài chính mà các trường thực hiện tự chủ phải đương đầu.
Để kịp thời tháo gỡ những khó khăn, vướng mắc, hiệp hội đề nghị Chính phủ sớm ban hành nghị định hướng dẫn thực hiện Luật số 34, đặc biệt là các chi tiết liên quan đến HĐT; xem xét, điều chỉnh chính sách tiến tới xóa bỏ cơ chế cơ quan chủ quản trên tinh thần Nghị quyết 19-NQ/TW, Nghị quyết 29-NQ/TW của Ban chấp hành Trung ương Đảng khóa XII, Nghị quyết 14/2005/NQ-CP và Nghị quyết số 89/NQ-CP của Chính phủ.
