Theo kết luận thanh tra, trong giai đoạn trên, công tác đào tạo trình độ thạc sĩ, tiến sĩ tại đây có nhiều hạn chế, khuyết điểm về tuyển sinh, quy trình, chương trình và quản lý đào tạo. Việc quản lý tài chính có nhiều vi phạm.
Theo đó, Viện Hàn lâm khoa học xã hội Việt Nam chi phụ cấp cho một số chức danh, phụ cấp cán bộ công tác địa phương không đúng quy định với số tiền hơn 700 triệu đồng; kê khai thiếu số tiền thuế gần 2 tỷ đồng. Thanh tra Chính phủ kiến nghị kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm của tập thể lãnh đạo học viện qua các thời kỳ trong giai đoạn trên. Kiến nghị thu hồi số tiền gần 6 tỷ đồng đã chi không có trong quy định của 10 đơn vị thuộc Viện Hàn lâm khoa học xã hội Việt Nam.
