Cụ thể như chậm khắc phục hoặc khắc phục chưa triệt để vạch sơn, biển báo, cây xanh che khuất đèn chiếu sáng, đèn tín hiệu giao thông, ngập nước, tự ý đấu nối giao thông... dẫn đến tai nạn giao thông tăng cao. Ngoài ra, Ban Quản lý đầu tư xây dựng khu đô thị mới Nam TP chưa làm hết chức năng nhiệm vụ được giao đối với công tác bảo đảm trật tự an toàn giao thông trên địa bàn quản lý nói chung và tuyến Nguyền Vàn Linh nói riêng. Do đó, hiệu quả kéo giảm tai nạn giao thông, giám ùn tắc giao thông trên tuyến Nguyễn Văn Linh không đạt như kế hoạch đề ra.
Với những bất cập tồn tại kéo dài, Sở GTVT kiến nghị UBND TPHCM chấp thuận chuyển giao toàn bộ công tác duy tu, bảo dưỡng cầu, đường bộ, hệ thống báo hiệu giao thông đường bộ (sơn đường, biển báo, đèn tín hiệu giao thông), chiếu sáng công cộng, cây xanh, thoát nước dọc tuyến Nguyễn Văn Linh cho Sở GTVT thực hiện và quản lý. Sau khi tiếp nhận, sở sẽ giao đơn vị trực thuộc sở chịu trách nhiệm trực tiếp thực hiện công tác duy tu, bảo dưỡng các lĩnh vực nêu trên. Kinh phí duy tu lấy từ nguồn thu phí của tuyến đường này, trường hợp doanh thu không đủ bù chi Công ty TNHH Phú Mỹ Hưng chịu trách nhiệm bổ sung bằng nguồn thu từ kinh doanh cơ sở hạ tầng của đơn vị này. Trong trường hợp sử dụng không hết nguồn phí giao thông, phần chênh lệch được chia cho doanh nghiệp 30% và TPHCM 70% theo như Giấy chứng nhận đầu tư. UBND TP giao Sở KH-ĐT hướng dẫn Công ty TNHH Phú Mỹ Hưng thực hiện thủ tục điều chỉnh Giấy chứng nhận đầu tư theo đúng quy định. Sở Tài chính hướng dẫn các khoản chi phí cho công tác quản lý thu phí giao thông, duy tu bảo dưỡng theo đúng quy định.
Theo Sở GTVT, số liệu từ Công an TPHCM, tai nạn giao thông trên tuyến đường Nguyễn Văn Linh chiếm tỉ lệ rất cao. Cụ thể, 10 tháng đầu năm 2018, trên tuyến đường này đã xảy ra 28 vụ tai nạn giao thông làm chết 24 người và bị thương 3 người, so với cùng kỳ năm 2017 tăng 13 vụ, tăng 10 người chết.
