Theo UBND TPHCM, chủ đầu tư và các đơn vị tư vấn đã nghiên cứu, bổ sung, cập nhật ý tưởng điều chỉnh quy hoạch nêu trên và đề xuất phương án. Về cơ bản, phương án đề xuất không làm thay đổi dạng thức nút giao thông Vành đai 2 - Phạm Văn Đồng đảm bảo các yêu cầu kỹ thuật, hạn chế ảnh hưởng đến ranh chiếm dụng công trình theo quy hoạch được duyệt, đảm bảo công tác quản lý xây dựng và trật tự đô thị theo quy định.
UBND thành phố đã xây dựng phương án thiết kế nút giao thông Vành đai 2 - Phạm Văn Đồng là nút giao khác mức 3 tầng. Cụ thể, đường sắt Bắc Nam hiện hữu (tuyến An Bình - Hòa Hưng) tầng +0; cầu vượt số 1 (tầng +1) gồm 2 nhánh cầu vượt trên đường Vành đai 2 vượt qua các đường Linh Đông, Phạm Văn Đồng, Kha Vạn Cân và Rạch Ngang; cầu vượt số 2 (tầng +1) nhánh rẽ phải từ đường Vành đai 2 đi Phạm Văn Đồng (hướng sân bay Tân Sơn Nhất); cầu vượt số 3 (tầng +2) nhánh đi thẳng trên đường Phạm Văn Đồng (hướng từ sân bay Tân Sơn Nhất đi nút giao Linh Xuân) và nhánh rẽ trái từ đường Phạm Văn Đồng, hướng sân bay Tân Sơn Nhất đi về quốc lộ 1 - Gò Dưa.
Phương án thiết kế này phù hợp với chủ trương đầu tư, quy hoạch chi tiết đường sắt khu vực đầu mối TPHCM được Bộ GTVT phê duyệt tại Quyết định số 1556/QĐ-BGTVT tháng 6-2013 và các Đồ án quy hoạch phân khu 1/2000 tại khu vực. Tuy nhiên, theo hồ sơ đính kèm đề nghị của Bộ GTVT tại Công văn số 6287/BGTVT-KHĐT ngày 13-6-2024 về góp ý điều chỉnh quy hoạch các tuyến, ga đường sắt khu vực đầu mối TPHCM; tuyến đường sắt An Bình - Hòa Hưng dự kiến sẽ điều chỉnh đi trên cao.