Báo cáo nhìn nhận, một số cuộc kiểm toán môi trường cho thấy, nhiều địa phương ban hành văn bản hướng dẫn công tác quản lý môi trường không đảm bảo đầy đủ cơ sở pháp lý; thiếu biện pháp quản lý, giám sát tình hình khắc phục của các cơ sở vi phạm; không phát hiện, xử lý kịp thời các trường hợp không tuân thủ quy định bảo vệ môi trường.
Một ví dụ điển hình là khu kinh tế Nghi Sơn. Được xây dựng, vận hành từ năm 2007 đến thời điểm kiểm toán với hơn 109 dự án hoạt động nhưng khu kinh tế này không có hệ thống công trình hạ tầng kỹ thuật bảo vệ môi trường (BVMT) theo quy định của Luật BVMT và quy hoạch được duyệt, đặc biệt là hệ thống thu gom, xử lý nước thải; 34 cơ sở đang hoạt động có nguy cơ tác động xấu đến môi trường nhưng chưa có Giấy xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường; một số cơ sở chưa xây dựng, lắp đặt đầy đủ các công trình bảo vệ môi trường đối với nước thải, khí thải.
Tình trạng quy định về thu gom rác thải được cơ quan kiểm toán nhận định là “chưa đầy đủ, một số quy định chưa phù hợp; công tác quy hoạch, thực hiện quy hoạch tổng thể quản lý xử lý chất thải còn tồn tại, bất cập, chậm xây dựng hoặc chưa tuân thủ quy định công nghệ xử lý chất thải rắn ảnh hưởng đến môi trường, nguồn nước và sinh hoạt của người dân”. Đáng buồn, hệ thống thu gom, vận chuyển rác thải chưa phủ kín địa bàn, chưa thu gom toàn bộ rác thải sinh hoạt; chậm triển khai công nghệ xử lý/tái chế rác thải gây ảnh hưởng môi trường; quản lý, sử dụng nguồn kinh phí thu gom, vận chuyển và xử lý rác thải chưa đảm bảo quy định.
Đáng lưu ý, theo cơ quan kiểm toán, hiệu quả, hiệu lực của Chương trình giảm ngập nước của TPHCM còn hạn chế.
Chương trình chưa giải quyết dứt điểm tình trạng ngập úng của Thành phố; chỉ hoàn thành duy nhất 1 chỉ tiêu là đầu tư nâng cấp 179 tuyến hẻm, 6 chỉ tiêu còn lại không đạt so với kế hoạch đề ra; phần lớn dự án đầu tư tại Kế hoạch thực hiện Chương trình giảm ngập nước giai đoạn 2016-2020 (thuộc nhóm giải pháp công trình) đều triển khai chậm tiến độ hoặc chưa triển khai do thiếu vốn, vướng mặt bằng. Một số dự án giảm ngập hoàn thành đưa vào sử dụng nhưng vẫn xuất hiện ngập khi mưa lớn, hoặc chưa được kết nối đồng bộ nên chưa phát huy hết hiệu quả đầu tư.
Việc thực hiện các nhóm giải pháp, nhiệm vụ hành động chưa kịp thời, đồng bộ, chất lượng chưa cao, tiến độ thực hiện các dự án giảm ngập bị kéo dài hoặc hoàn thành đưa vào sử dụng nhưng không phát huy được hiệu quả... dẫn đến tình trạng ngập vẫn chưa được giải quyết, môi trường và chất lượng sống của người dân Thành phố chậm được cải thiện, tổn thất đối với kinh tế của Thành phố.
Bên cạnh đó, việc kiểm toán hoạt động đối với một số hoạt động, chương trình, dự án cho thấy: chương trình nhà ở xã hội (NOXH) tại Thành phố Hà Nội và Quận 9, 12, Bình Tân (TPHCM) đều thực hiện chưa đạt mục tiêu đề ra; chưa xác định vị trí, quy mô hoặc có xác định nhưng chưa đảm bảo tỷ lệ quỹ đất để phát triển NOXH. Một số dự án được hoán đổi 20% diện tích đất để phát triển NOXH bằng một khu đất khác không có trong quy định; lập, thẩm tra, phê duyệt dự toán chưa chính xác về khối lượng, đơn giá, chưa xác định rõ diện tích chung, riêng, phương án tài chính còn sai sót làm ảnh hưởng giá bán, cho thuê; còn tình trạng người được mua, cho thuê NOXH sử dụng không đúng mục đích; có dự án chưa hoàn tất các thủ tục pháp lý nhưng đã bàn giao cho người dân vào sử dụng.
Đồng thời, kết quả kiểm toán cũng cho thấy một số tồn tại, bất cập trong chính sách ưu đãi về thuế suất GTGT, thuế TNDN đối với các dự án NOXH; hoặc cho phép nộp bằng tiền thay cho việc bắt buộc dành 20% diện tích đất để phát triển NOXH đối với các dự án có quy mô sử dụng đất dưới 10 ha; chưa có hướng dẫn, quản lý, đôn đốc các chủ đầu tư thực hiện nghĩa vụ nộp số tiền tương đương với giá trị quỹ đất 20% vào ngân sách địa phương để đầu tư xây dựng NOXH.
Việc sử dụng Quỹ Dịch vụ viễn thông công ích, Quỹ Bảo vệ và Phát triển rừng còn chưa hiệu quả (2 quỹ này đều có số dư rất lớn nhưng chưa có phương án sử dụng); các cơ quan chức năng chưa ban hành đầy đủ văn bản hướng dẫn làm cơ sở để các địa phương, đơn vị tổ chức thực hiện.
