Sở Kế hoạch - Đầu tư TP được giao rà soát toàn bộ quá hình thực hiện dự án metro Bến Thành - Suối Tiên, đặc biệt là các căn cứ pháp lý và xác định chính xác tổng mức đầu tư của dự án. Đồng thời rà soát các hợp đồng, biên bản đàm phán thương thảo hợp đồng của các gói thầu của dự án, để đảm bảo thực hiện đúng quy định của pháp luật và tránh thất thoát, thiệt hại cho ngân sách.
UBND TP cũng yêu cầu chủ đầu tư của dự án là Ban Quản lý đường sắt đô thị TP (MAUR) và các đơn vị có sai sót phải thực hiện nghiêm kết luận, kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước và báo cáo trước ngày 31-3.
Hiện nay, dự án metro Bến Thành - Suối Tiên đã thi công được khoảng 62% khối lượng. Trước đó, Kiểm toán Nhà nước đã có báo cáo, xác định quá trình thực hiện dự án có nhiều sai phạm. Báo cáo kết luận TPHCM phê duyệt điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án metro Bến Thành - Suối Tiên (vào năm 2011) là chưa đúng giá trị, chưa tuân thủ trình tự thủ tục và không đúng thẩm quyền.
Cơ quan kiểm toán cũng kết luận một số sai phạm khác và kiến nghị xử lý tài chính gần 2.900 tỷ đồng, như thu hồi nộp ngân sách hơn 18 tỷ đồng, nộp thuế giá trị gia tăng hơn 53 tỷ đồng, giảm trừ thanh toán cho các nhà thầu 96 tỷ đồng... Đối với hơn 2.860 tỷ đồng còn lại, MAUR phải xử lý theo kết quả kiểm toán và phải đàm phán, thương thảo với các nhà thầu để giảm giá hợp đồng một số gói thầu, nhằm tránh thất thoát vốn đầu tư.
