Qua kiểm tra cho thấy trong năm 2016, BV Mắt tiến hành phẫu thuật hơn 84.000 bệnh nhân, riêng ông Trần Anh Tuấn (nguyên Giám đốc BV) có hồ sơ phẫu thuật hơn 3.600 ca. Hai Phó Giám đốc là Phí Duy Tiến và Võ Thị Chinh Nga phẫu thuật hơn 3.300 ca. Đoàn kiểm tra đã phát hiện 3 người nói trên đều kê khai thu nhập không chính xác (kê khai thấp hơn nhiều so với thu nhập thực tế từ BV); chưa thực hiện đúng trong việc thực hiện hưởng thù lao phẫu thuật. Ngoài ra, nguyên Giám đốc Trần Anh Tuấn và Phó Giám đốc Phí Duy Tiến còn sử dụng “mộc chữ ký” trong một số hồ sơ của bệnh viện là không đúng quy định về quy chế chẩn đoán bệnh, làm hồ sơ bệnh án và kê đơn điều trị.
Giám đốc Sở Y tế TPHCM Nguyễn Tấn Bỉnh đã yêu cầu Ban giám đốc BV chấn chỉnh ngay công tác hồ sơ bệnh án nói chung và hồ sơ phẫu thuật theo đúng quy định; Chấn chỉnh ngay việc mổ giúp đã xảy ra và đảm bảo bác sĩ trực tiếp phẫu thuật phải chịu trách nhiệm về hồ sơ bệnh án; Không được sử dụng mộc chữ ký của người có trách nhiệm theo quy định trong bất kỳ hồ sơ nào; Kiểm tra giám sát công tác kê khai tài sản thu nhập của các cá nhân thuộc diện kê khai theo quy định. Riêng đối với vi phạm của các cá nhân trong Ban Giám đốc bệnh viện sẽ kiểm điểm, xử lý theo kết luận của Đoàn thanh tra TP. Bên cạnh đó, Sở Y tế TPHCM cũng yêu cầu Ban giám đốc BV Mắt TPHCM nghiêm túc thực hiện chỉ đạo và có báo cáo bằng văn bản cho Sở Y tế trước 29-4.