Theo Bộ Xây dựng, việc xác định công trình xây dựng thuộc đối tượng phải có giấy phép xây dựng hay miễn giấy phép xây dựng (không yêu cầu phải cấp phép xây dựng) căn cứ vào quy định pháp luật về xây dựng có hiệu lực đến thời điểm khởi công công trình.
Theo quy định của pháp luật về xây dựng qua các thời kỳ (từ năm 1998 đến nay) thì công trình thuộc dự án đã được Thủ tướng Chính phủ quyết định đầu tư đều thuộc đối tượng được miễn giấy phép xây dựng (không yêu cầu phải cấp phép xây dựng).
Trước đó, HDTC có đơn phản ánh, ngày 16-11-1998 Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định 1042/QĐ-TTg về dự án đầu tư cơ sở hạ tầng Khu đô thị An Phú- An Khánh (quận 2).
Tiếp đến ngày 13-8-1999 Thủ tướng ban hành Quyết định số 783/QĐ-TTg về việc giao đất cho Công ty Phát triển kinh doanh nhà TPHCM để đầu tư hạ tầng cơ sở Khu đô thị An Phú- An Khánh (quy mô 131ha).
Tuy nhiên trong quá trình thi công một số công trình tại khu đô thị này (khu E và khu D), chủ đầu tư đã bị UBND Quận 2 và UBND TPHCM xử phạt hành chính vì không có giấy phép xây dựng.
Theo Bộ Xây dựng, các công trình nêu trên thuộc khu đô thị, khu nhà ở đã có quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/500 được cơ quan nhà nước phê duyệt trước năm 2006 thì thuộc đối tượng không yêu cầu phải có giấy phép xây dựng và này tiếp tục xây dựng thì không phải đề nghị cấp phép xây dựng nhưng phải đảm bảo phù hợp với quy hoạch chi tiết 1/500, tuân thủ quy định của pháp luật về xây dựng và pháp luật liên quan.
Bộ Xây dựng đã đề nghị Sở Xây dựng TPHCM hướng dẫn HDTC thực hiện theo quy định của pháp luật, tham mưu đề xuất UBND TPHCM các giải pháp tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp.
