Nông nghiệp, nông dân, nông thôn là khu vực vô cùng quan trọng. Nhưng đây cũng là khu vực, đối tượng yếu thế trong kinh tế thị trường, luôn cần ưu tiên chăm lo, bảo vệ, hỗ trợ. Do đó, phần lớn các ý kiến phát biểu đều cho rằng, từ diện “mặt hàng phân bón không phải chịu thuế” như quy định hiện hành, việc áp thuế GTGT 5% sẽ gây ảnh hưởng lớn đến khu vực này: làm tăng giá vật tư đầu vào, tăng chi phí, giá thành, giảm tính cạnh tranh của nông sản; giảm thu nhập của nông dân, tác động xấu đến khu vực nông thôn.
Thực tế, hiện phân bón không phải đối tượng chịu GTGT nên doanh nghiệp sản xuất không được hoàn thuế GTGT đầu vào của vật tư sản xuất, khiến sản phẩm sản xuất trong nước có thể kém tính cạnh tranh hơn so với nhập khẩu ngay trên sân nhà. Nếu tăng lên 5% thì doanh nghiệp trong nước được khấu trừ đầu vào nhưng số này lại thu từ người nông dân sử dụng.
Nhiều đại biểu cho rằng ngành sản xuất phân bón đã hội nhập hoàn toàn với quốc tế, người nông dân phải mua vật tư theo giá thị trường thế giới. Tăng thuế này là tăng chi phí đầu vào của nông nghiệp, thực tế là nông nghiệp, nông dân phải gánh. Đại biểu Trần Văn Lâm (Bắc Giang) đã phát biểu tha thiết trước Quốc hội rằng: hỗ trợ doanh nghiệp trong nước sản xuất các mặt hàng này cạnh tranh bình đẳng trên sân nhà với sản phẩm cùng loại nhập khẩu là cần thiết. Nhưng không nên đẩy trách nhiệm này cho nông nghiệp, nông dân; không nên thu của người nghèo, trả cho người giàu; có nhiều cách để hỗ trợ chứ không nhất thiết phải hy sinh lợi ích của hàng chục triệu hộ nông dân, của ngành nông nghiệp, khu vực nông thôn để hỗ trợ doanh nghiệp…
