Đồng thời, các bến xe lớn như Mỹ Đình, Nước Ngầm... nên được quy hoạch ổn định và nâng cấp thành bến xe nhiều tầng.
Đặc biệt, Bộ GTVT khuyến nghị Hà Nội không nên xây dựng bến xe mới có tính chất sử dụng không lâu dài như bến xe Yên Sở. Trong quy hoạch, bến xe Yên Sở là bến khách liên tỉnh trung hạn, được xây dựng hiện đại trên diện tích 2.000 m2, công suất 1.000 xe/ngày, có chức năng tiếp nhận xe khách từ bến Giáp Bát. Sau khi hoàn thành bến xe khách phía Nam ở Vành đai 4, bến xe này chuyển thành đầu mối trung chuyển xe buýt và bãi đỗ xe. Theo Bộ GTVT, việc xây bến xe Yên Sở là lãng phí vốn đầu tư và ảnh hưởng đến quỹ đất của thành phố.
Về việc đồ án quy hoạch bến xe Hà Nội chưa trình HĐND TP Hà Nội phê duyệt nhưng đã được TP Hà Nội phê duyệt, chủ đầu tư đã thi công lấp hồ, san lấp mặt bằng và ép cọc móng công trình, UBND TP Hà Nội cho biết, dự án chỉ đang giải phóng mặt bằng, sau khi hoàn thành, UBND TP Hà Nội sẽ làm thủ tục cho thuê đất theo quy định của Luật đất đai.
