Từ năm 2014, rồi năm 2016 đã có các đơn tố cáo ông Thủy về việc nhiều lần có hành vi dâm ô trẻ em. Cơ quan điều tra khởi tố vụ án, nhưng rồi không khởi tố bị can, vụ án có dấu hiệu bị “chìm xuồng”, khiến dư luận rất bức xúc. Tháng 3-2017, Chủ tịch nước Trần Đại Quang đã yêu cầu Bộ Công an, Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao chỉ đạo các cơ quan tư pháp làm rõ vụ án này, sớm đưa ra kết luận.
Tháng 11-2017, TAND TP Vũng Tàu đã xét xử sơ thẩm, tuyên phạt bị cáo Nguyễn Khắc Thủy 3 năm tù. Tại phiên tòa phúc thẩm, đại diện Viện KSND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu đã đề nghị Hội đồng xét xử tuyên y án sơ thẩm 3 năm tù, nhưng dù vẫn xác định bị cáo có hành vi dâm ô trẻ em, Hội đồng xét xử đã sửa một phần bản án sơ thẩm, tuyên phạt 18 tháng tù nhưng cho hưởng án treo. Lý do, vì bị cáo là đảng viên, từng là cán bộ ngân hàng và tuổi cao, sức khỏe yếu.
Phán quyết này đã gây chấn động dư luận, vì khung hình phạt cho tội dâm ô trẻ em phải ngồi tù từ 6 tháng đến 3 năm; phạm tội 2 lần trở lên hoặc đối với 2 người trở lên thì bị phạt tù từ 3 năm đến 7 năm; việc bị cáo là đảng viên hay là cán bộ ngân hàng không thể là tình tiết giảm nhẹ.
Phán quyết “kỳ lạ” đó khó có thể được chấp nhận. Các gia đình nạn nhân, dư luận xã hội và báo chí đã kịch liệt lên tiếng chất vấn. Hội Bảo vệ quyền trẻ em TPHCM đã có văn bản gửi Viện KSND Cấp cao tại TPHCM, không đồng tình với bản án đã tuyên của TAND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu, bởi hành vi của bị cáo là phạm tội với trẻ em, phạm tội nhiều lần với nhiều người, và kiến nghị xem xét lại vụ án.
Viện KSND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu đã có văn bản khẩn cấp gửi Viện KSND Cấp cao tại TPHCM và Viện KSND Tối cao đề nghị giám đốc thẩm vụ án này.
Tại phiên họp của Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Chủ nhiệm Ủy ban Tư pháp Quốc hội Lê Thị Nga đã đề cập vụ án này và nhấn mạnh tình trạng xâm hại tình dục trẻ em rất phức tạp và có chiều hướng gia tăng; dư luận và cơ quan chức năng đều phản ứng trước bản án phúc thẩm; do đó, đề nghị Viện trưởng Viện KSND Tối cao và Chánh án TAND Tối cao xử lý theo thẩm quyền.
Các phản ứng mạnh mẽ đó cho thấy sẽ không dễ cho những ai có ý đồ bao che, đứng trên pháp luật, lợi dụng công lý, đánh tráo khái niệm, qua mặt dư luận để tìm một cái kết có hậu cho một kẻ dâm ô trẻ em. Dư luận khinh bỉ và kịch liệt lên án kẻ có hành vi dâm ô đối với trẻ em, vì đó là hành vi nhơ nhuốc, xâm phạm đến sự phát triển bình thường về thể chất và tâm lý của trẻ em, xâm phạm sức khỏe, nhân phẩm, danh dự con người. Những nạn nhân của bị cáo Nguyễn Khắc Thủy đã phải chịu đựng những tổn thương tâm lý nghiêm trọng trong suốt hơn 3 năm qua và còn chưa lường hết những diễn biến xấu về tâm lý như sợ hãi, rối loạn tâm trí, trầm cảm, thậm chí xấu hơn. Do vậy, không thể lấy điều gì để biện hộ và giảm án cho hành vi dâm ô trẻ em.
Mấy ngày qua, nghe tin kẻ dâm ô trẻ em được hưởng án treo, nhiều bà mẹ đã nao núng, lo âu, không biết làm sao bảo vệ được con mình khi trong xã hội đang có không ít kẻ biến thái luôn rình rập xâm hại tình dục. Không thể để phán quyết của TAND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu tại phiên tòa phúc thẩm xét xử bị cáo Nguyễn Khắc Thủy trở thành án lệ áp dụng trong xét xử giảm nhẹ đối với hành vi dâm ô trẻ em.
Bị cáo là đảng viên từng là lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước tỉnh thì càng nặng tội hơn, vì đã bôi nhọ hình ảnh người đảng viên, làm ảnh hưởng uy tín của Đảng và thanh danh của Ngân hàng Nhà nước. Bị cáo đã cao tuổi thì càng không thể giảm nhẹ hình phạt, vì lẽ ra ở độ tuổi “thất thập cổ lai hi” thì càng phải có ý thức giữ gìn đạo đức, nhân cách và danh dự, biết sống mẫu mực. Vấn đề hiện nay là các cơ quan bảo vệ pháp luật phải tuân thủ quy trình, hành xử đúng pháp luật, đảm bảo xét xử công minh, đúng người đúng tội.