Ngày 30-10, tin từ Bộ Công an, Cơ quan Cảnh sát điều tra đã ra quyết định khởi tố bị can đối với Phạm Văn Thông, nguyên Giám đốc Ban Quản lý dự án đường thủy nội địa, về hành vi “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, quy định tại Điều 356 Bộ Luật hình sự năm 2015 để điều tra, làm rõ một số nghi vấn liên quan đến "quỹ đen" tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam.
Bên cạnh ra quyết định khởi tố, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an cũng thi hành Lệnh bắt bị can để tạm giam và khám xét chỗ ở đối với bị can Phạm Văn Thông. Cùng ngày, Viện kiểm sát nhân dân tối cao đã có các quyết định phê chuẩn các quyết định tố tụng nêu trên theo đúng quy định của pháp luật.
Trước đó, thực hiện ý kiến chỉ đạo của lãnh đạo Bộ Công an, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an (C01) tiến hành điều tra, giải quyết vụ án “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, xảy ra tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, có địa chỉ tại số 4 Tôn Thất Thuyết, phường Dịch Vọng Hậu, quận Cầu Giấy, Hà Nội.
Liên quan tới nghi vấn thu “quỹ đen” tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, đầu tháng 9-2018 Bộ Giao thông Vận tải đã ban hành Kết luận số 9633/KL-BGTVT về một số nội dung thông tin phản ánh trên báo chí về “nghi vấn quỹ đen” tại Cục Đường thủy nội địa.
Theo đó, tổ xác minh của Bộ Giao thông Vận tải đã làm việc với ông Phạm Văn Thông, nguyên Giám đốc Ban Quản lý dự án đường thủy nội địa, trực thuộc Cục Đường thủy nội địa. Ông Thông cũng thừa nhận, cuối năm 2015 đến năm 2016, trong giờ làm việc, một số nhà thầu đến phòng làm việc của ông Thông đưa tiền và ông đã nhận tiền. Việc đưa tiền này theo ông Thông là chỉ đạo bằng miệng của ông Trần Đức Hải, Phó cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam. Cụ thể, ông Thông đã nhận tiền của 15 nhà thầu, tổng số tiền 4.800.650.600 đồng.
Theo Bộ Giao thông Vận tải, do chưa có kết quả đối chất, thẩm vấn các nhân chứng, Tổ xác minh chỉ xác minh đối với ông Thông, từ lời khai một phía của ông Thông cho rằng có sự chỉ đạo bằng miệng của ông Trần Đức Hải. Vì vậy, nội dung phản ánh chưa đủ căn cứ để kết luận có sự chỉ đạo của ông Hải.