Các bị can bị khởi tố ở giai đoạn 2 vụ án là Nguyễn Minh Hùng (cựu Chủ tịch Hội đồng quản trị, kiêm Tổng giám đốc VN Pharma); Võ Mạnh Cường (cựu Giám đốc Công ty TNHH Thương mại Hàng hải Quốc tế H&C); Nguyễn Trí Nhật (cựu Phó Tổng giám đốc VN Pharma); Ngô Anh Quốc (cựu Phó Tổng giám đốc VN Pharma); Phan Cẩm Loan (cựu Phó trưởng Phòng Xuất nhập khẩu VN Pharma); Lê Thị Vũ Phương (cựu Kế toán trưởng VN Pharma) và Phạm Quỳnh Trang (cựu nhân viên Công ty TNHH Thương mại Hàng hải Quốc tế H&C.
Trong vụ án này, Bộ Công an đề nghị cơ quan công tố phê chuẩn Lệnh bắt bị can để tạm giam đối với bị can Ngô Anh Quốc và Nguyễn Trí Nhật với thời hạn 4 tháng. Vụ 3 thuộc Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đã phê chuẩn lệnh bắt này. Hiện các bị can Phan Cẩm Loan, Lê Thị Vũ Phương, Phạm Quỳnh Trang được tại ngoại và áp dụng biện pháp ngăn chặn cấm đi khỏi nơi cư trú. Trong khi đó, bị can Nguyễn Minh Hùng và Võ Mạnh Cường đã bị tạm giam từ giai đoạn trước của vụ án. Theo Bộ Công an, việc khởi tố 7 bị can trên để điều tra, làm rõ hành vi buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh mang nhãn mác Health 2000 ghi xuất xứ từ Canada xảy ra tại VN Pharma trong thời gian 2012-2014.