Luật Thủ đô là một đạo luật có tính chất đặc biệt, phân quyền mạnh mẽ cho một cấp chính quyền địa phương và có phạm vi áp dụng chủ yếu giới hạn trong địa giới hành chính và trách nhiệm quản lý của thành phố. Trước đây, do không có quy định về áp dụng pháp luật nên rất nhiều quy định đặc thù trong Luật Thủ đô năm 2012 đã bị vô hiệu hóa bởi một số văn bản pháp quy được ban hành sau đó.
Đơn cử, một vấn đề được người dân Hà Nội rất quan tâm là cải tạo chung cư cũ (quy định tại điều 16, Luật Thủ đô 2012). Tuy nhiên, do có xung đột với văn bản quy định chi tiết Luật Xây dựng, Luật Nhà ở ban hành sau Luật Thủ đô 2012 nên mãi đến tận năm 2021, khi Bộ Xây dựng sửa đổi 2 thông tư và đặc biệt là tháng 7-2021, Chính phủ ban hành Nghị định 69/2021/NĐ-CP về cải tạo, xây dựng chung cư cũ thì mới tháo gỡ được phần nào.
Đã là cơ chế đặc biệt thì không thể tránh khỏi có xung đột với các văn bản pháp luật hiện hành. Lường trước tình huống này, việc thiết kế điều khoản ưu tiên áp dụng Luật Thủ đô (sửa đổi); đồng thời trao quyền cho Ủy ban Thường vụ Quốc hội trong một số trường hợp nhất định được “quyết định việc áp dụng pháp luật theo đề nghị của Chính phủ và báo cáo Quốc hội tại kỳ họp gần nhất” chính là giải pháp lập pháp kín kẽ, có tầm nhìn xa.
