Theo nội dung kháng nghị, VKSND TP Hà Nội cho rằng, việc TAND TP Hà Nội xác định thiệt hại và quyết định áp dụng biện pháp tư pháp trong vụ án là không đúng bản chất và trái quy định của pháp luật.
Theo đó, đối với việc xác định thiệt hại của nhà nước tại 7 dự án bất động sản, hành vi phạm tội của Phan Văn Anh Vũ cùng đồng phạm không phải là hành vi chiếm đoạt mà là hành vi gây thiệt hại cho nhà nước vì mục đích vụ lợi và được kéo dài từ thời điểm được giao tài sản đến thời điểm bị khởi tố. Do đó, thiệt hại trong trường hợp này cần phải được tính tại thời điểm khởi tố là hơn 1.159 tỷ đồng mới phù hợp với thực tế, còn việc tính thiệt hại với số tiền hơn 135 tỷ đồng như bản án sơ thẩm là chưa đánh giá đúng bản chất của vụ án cũng như hậu quả mà các bị cáo đã gây ra cho Nhà nước và xã hội.
VKSND TP Hà Nội cũng cho rằng, việc tòa tuyên thu hồi 7 dự án nhà, đất đã kê biên nêu trên để nộp vào ngân sách Nhà nước là không đúng quy định, bởi các dự án này do UBND TP Đà Nẵng và UBND TPHCM giao đất, cho thuê đất không qua đấu giá quyền sử dụng đất là trái các quy định tại các điều 55, 56 và 118 của Luật Đất đai năm 2013, nên phải áp dụng pháp luật chuyên ngành là Luật Đất đai năm 2013 làm căn cứ để giải quyết.
Đối với việc xử lý 7 dự án nhà đất mà Phan Văn Anh Vũ thâu tóm, VKSND TP Hà Nội đề nghị xử lý theo hướng hủy các quyết định giao đất trái pháp luật của UBND TP Đà Nẵng và UBND TPHCM; giao cho UBND TP Đà Nẵng và UBND TPHCM thu hồi, quản lý và xử lý theo quy định. Riêng với nhà đất tại số 129 Pasteur, phường 6, quận 3, TPHCM, giao cho Bộ Công an phối hợp với UBND TPHCM báo cáo Thủ tướng Chính phủ đề xuất biện pháp thu hồi đảm bảo không thất thoát tài sản Nhà nước đồng thời bảo đảm quyền và lợi ích hợp pháp cho những người có liên quan.
Cũng trong ngày 14 và 15-2, TAND TP Hà Nội đã nhận được đơn xin kháng cáo của 2 cựu Thứ trưởng Bộ Công an là Bùi Văn Thành và Trần Việt Tân, trong đó bị cáo Thành đề nghị được hưởng án treo.