VKSNDTC cho rằng, xét về bản chất thì việc lợi dụng danh nghĩa “công ty bình phong” của Tổng cục V (Bộ Công an) tác động đến những người có thẩm quyền tại TP Đà Nẵng, TPHCM để được giao đất, cho thuê đất và sau đó chiếm hưởng, khai thác, chuyển quyền sử dụng đất trái pháp luật để thu lợi chính là phương thức, thủ đoạn phạm tội của bị cáo Vũ “nhôm” và đồng phạm, hoàn toàn không phải là các giao dịch dân sự được điều chỉnh bởi các quy định pháp luật dân sự như bản án phúc thẩm đã nêu. Bên cạnh đó, mặc dù xác định các giao dịch liên quan đến 7 tài sản nhà nước là giao dịch vô hiệu nhưng sau đó tòa án cấp phúc thẩm lại áp dụng Điều 47 Bộ luật Hình sự năm 2015 để tịch thu sung ngân sách số tiền hơn 417 tỷ đồng của Công ty cổ phần Xây dựng Bắc Nam 79, Công ty Nova Bắc Nam 79 đã nộp cho UBND TP Đà Nẵng, UBND TPHCM và Bộ Công an để được mua, giao, thuê các tài sản nhà nước là mâu thuẫn giữa nhận định và quyết định xử lý về cùng một nội dung của vụ án, không đúng quy định pháp luật.
Theo VKSNDTC, mục đích của Vũ “nhôm” và các đồng phạm là lợi dụng chức vụ, quyền hạn tác động đến những người có thẩm quyền trong các cơ quan quản lý nhà nước để được chuyển giao quyền sở hữu, quyền quản lý, khai thác đối với 7 tài sản nhà nước sang cá nhân Vũ “nhôm” và các công ty của Vũ không thông qua đấu giá theo các quy định của pháp luật; trên cơ sở đó, Vũ “nhôm” có toàn quyền quyết định việc chuyển nhượng, cho thuê, khai thác, sử dụng, góp vốn… nhằm hưởng lợi từ những giá trị tăng thêm của các bất động sản. Trên thực tế, trong thời gian từ khi phạm tội đến khi Vũ “nhôm” bị phát hiện khởi tố, giá trị của 7 tài sản nhà nước nêu trên đã tăng gấp 10 lần. Vì vậy, thiệt hại do hành vi phạm tội của Vũ “nhôm” và đồng phạm gây ra phải được xác định không chỉ là những ưu đãi về giá, hệ số sinh lợi mà Vũ “nhôm” có được khi nhận 7 tài sản nhà nước, mà còn bao gồm thiệt hại do Nhà nước mất đi quyền khai thác, quản lý, sử dụng 7 tài sản trên, giá trị tăng thêm của các tài sản này. Vì vậy, VKSNDTC cấp sơ thẩm và phúc thẩm căn cứ vào kết luận giám định xác định giá trị thiệt hại do hành vi phạm tội của Vũ “nhôm” và đồng phạm gây ra tại thời điểm khởi tố vụ án là gần 1.160 tỷ đồng là có cơ sở, phù hợp với mục đích, bản chất, diễn biến hành vi phạm tội của các bị cáo. Việc tòa án cấp sơ thẩm chỉ xác định thiệt hại cho Nhà nước tại thời điểm phạm tội là hơn 135 tỷ đồng là chưa đánh giá đúng bản chất thực tế cũng như hậu quả các bị cáo gây ra cho Nhà nước và xã hội.
Ngoài các nội dung trên, VKSNDTC còn xác định, tòa cấp phúc thẩm tự ý thêm nội dung trong bản án in so với bản án đọc tại phiên tòa hôm 13-6. Điều này đã vi phạm Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015, ảnh hưởng nghiêm trọng đến nguyên tắc, sự đúng đắn, khách quan của hoạt động xét xử và ban hành bản án, ảnh hưởng lớn đến quyền và lợi ích hợp pháp của những người tham gia tố tụng. VKSNDTC đề nghị Hội đồng Thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao xét xử theo thủ tục giám đốc thẩm, hủy một phần bản án hình sự phúc thẩm số 346 của Tòa án nhân dân cấp cao tại Hà Nội để xét xử phúc thẩm lại theo đúng quy định pháp luật.