Đó là những vấn đề liên quan đến vận hành khai thác như: phương án giá vé; quản lý tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt đô thị và đặt hàng cung ứng dịch vụ công lĩnh vực đường sắt đô thị; quy định về quản lý, điều hành, bảo trì khai thác kết cấu hạ tầng đường sắt đô thị trên địa bàn TP…
MAUR đã kiến nghị UBND TPHCM chỉ đạo các sở ngành liên quan trực tiếp phối hợp giải quyết. Đối với việc điều chỉnh thời gian thực hiện dự án, ngày 6-3, Bộ KH-ĐT đã có ý kiến đối với kiến nghị của UBND TPHCM. Sau đó, thành phố đã giao Sở KH-ĐT TP chủ trì, phối hợp MAUR rà soát, bổ sung các nội dung theo ý kiến của Bộ KH-ĐT, tuy nhiên đến nay vẫn chưa thực hiện.
Về ý kiến pháp lý thỏa thuận cho khoản vay STEP lần thứ 4 của Chính phủ Nhật Bản, MAUR kiến nghị Sở KH-ĐT sớm tham mưu trình UBND thành phố thông qua nội dung để gửi Bộ Tài chính.