Theo Bộ GTVT, các đoàn công tác của bộ đã kiểm tra việc vận hành ETC tại các trạm thu phí trên cả nước. Kết quả kiểm tra cho thấy, tình trạng không giao dịch được vẫn diễn ra tại nhiều trạm thu phí trên đường cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ - Ninh Bình, Hà Nội - Hải Phòng, Bắc Giang - Lạng Sơn... Một số xe dán thẻ thu sai mệnh giá, xe loại 5 nhưng mức giá là xe loại 1. Bên cạnh đó, xe sử dụng dịch vụ của nhà cung cấp này không qua được trạm của nhà cung cấp kia và ngược lại; vẫn còn hiện tượng xe không qua trạm vẫn bị trừ tiền…
Lỗi chủ yếu xảy ra ở nhà cung cấp dịch vụ VDTC (Tập đoàn Viettel) thuộc giai đoạn 2 của dự án. Do việc triển khai đồng thời 35 trạm trên toàn quốc và số phương tiện được dán thẻ tăng nhanh, nhiều đơn vị có nhân viên đưa thẻ cho chủ xe tự dán nên không đúng kỹ thuật dẫn đến không đọc được thẻ (lỗi dán chiếm 60% trong tổng số các lỗi). Sau khi dán thẻ phải có máy kiểm tra lại, nhưng VDTC đã bỏ qua nhiều bước trong quy trình.
Để chấn chỉnh tình trạng này, Bộ GTVT yêu cầu chấn chỉnh ngay việc dán thẻ, bố trí nhân viên thường trực tại các trạm để xử lý bất cập. Về lâu dài, các nhà cung cấp dịch vụ cần xây dựng quy chế phối hợp để giải quyết các vướng mắc. Bộ GTVT cũng đang rà soát để ban hành quy chuẩn về thu phí không dừng làm hành lang pháp lý triển khai cho các tuyến đường cao tốc sau này.