Theo dự thảo đề án, đến năm 2025, mô hình Tổng công ty ĐSVN sau khi sắp xếp lại gồm: công ty mẹ - Tổng công ty ĐSVN là công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ. Tổng công ty ĐSVN sẽ hợp nhất Công ty Cổ phần Vận tải đường sắt Hà Nội và Công ty Cổ phần Vận tải đường sắt Sài Gòn. Tổng công ty ĐSVN dự kiến nắm hơn 80% vốn điều lệ.
Sau khi công ty vận tải đường sắt hợp nhất đi vào hoạt động, Tổng công ty ĐSVN sẽ nghiên cứu giảm tỷ lệ vốn chi phối tại công ty này nhằm tách bạch hoạt động điều hành và hoạt động vận tải, tạo điều kiện để nhà đầu tư mới tham gia thị trường vận tải đường sắt. Đồng thời, Tổng công ty ĐSVN sẽ nghiên cứu hình thành công ty con thuộc công ty vận tải hợp nhất chuyên kinh doanh vận tải hàng hóa nhằm chuyên môn hóa vận tải hàng hóa, vận tải hành khách.
Tại tờ trình, Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp cũng đề xuất Tổng công ty ĐSVN sẽ giữ nguyên tỷ lệ phần vốn nhà nước nắm giữ trên vốn điều lệ của Công ty cổ phần Xe lửa Dĩ An là 86,85% và Công ty cổ phần Xe lửa Gia Lâm là 77,37%; giữ nguyên mô hình tổ chức và duy trì tỷ lệ phần vốn góp trên 51% vốn điều lệ đối với 15 công ty cổ phần đường sắt và 5 công ty cổ phần thông tin tín hiệu đường sắt…
