Theo phương án của công ty quản lý chợ, dự kiến giai đoạn 1, sẽ bố trí 14 điểm kinh doanh rau củ quả tại bãi đậu xe container của chợ. Khu này có diện tích khoảng 2.000m2 được vẽ vạch bố trí vị trí lưu đậu tối đa số 12 xe container hoặc xe tải trên 10 tấn. Giai đoạn 2, dự kiến bố trí thêm từ 20 đến 30 điểm kinh doanh sau khi rút kinh nghiệm hoạt động của giai đoạn 1.
Thương nhân phải đăng ký trước cho công ty chậm nhất 12 tiếng trước giờ tập kết các thông tin gồm chủng loại, số lượng hàng hóa, số xe tải, thương lái, giờ vào chợ để công ty bố trí, sắp xếp. Hàng hóa không được sơ chế tại điểm tập kết. Đối với hàng đi, thương nhân cũng đăng ký trước cho công ty chậm nhất trước 12 tiếng, các thông tin gồm người nhận hàng, phương tiện vận chuyển, giờ vào chợ để công ty bố trí giờ nhận hàng, đảm bảo không xảy ra tình trạng tập trung đông người cùng một thời điểm.
Mỗi lượt giao nhận hàng trong vòng 60 phút. Trong điểm tập kết, trung chuyển hàng chỉ có giao dịch giao/nhận hàng hóa, mọi giao dịch mua bán phải được 2 bên thỏa thuận từ trước và hạn chế việc thanh toán bằng tiền mặt. Tất cả người tham gia hoạt động tại chợ đầu mối Hóc Môn đều phải được tiêm ít nhất một mũi vaccine Covid-19, khi vào chợ phải test nhanh hàng ngày... Tính đến nay, cả 3 chợ đầu mối Bình Điền, Thủ Đức và Hóc Môn đều đưa vào hoạt động điểm trung chuyển với sản lượng trên dưới 200 tấn hàng hóa các loại/ngày.
