Căn nhà cổ có diện tích 1.200m2 bao gồm các hạng mục: nhà trên, nhà dưới và bếp nối tiếp nhau, bố trí mặt bằng kiến trúc theo dạng chữ Nhị. Bộ khung sườn làm bằng gỗ quý được trang trí, chạm khắc tinh xảo với các đề tài dân gian mang tính nghệ thuật cao, trở thành một tác phẩm nghệ thuật sáng giá, đại diện cho loại hình kiến trúc dân dụng vào thế kỷ 19 ở Đồng Nai nói riêng, Nam bộ nói chung.
Năm 2002, Tổ chức Văn hóa và phục hồi văn hóa cùng Trường Đại học Nữ Chiêu Hòa (Nhật Bản) tài trợ 800 triệu đồng để trùng tu, sửa chữa nhà cổ trên. Ngôi nhà được trùng tu rất kỹ lưỡng nên tất cả được phục hồi gần như nguyên bản. Năm 2004, ngôi nhà cổ Trần Ngọc Du được UNESCO trao tặng “Giải thưởng công trạng kiến trúc nhà Việt cổ”, đến năm 2005 được UBND tỉnh Đồng Nai xếp hạng di tích kiến trúc nghệ thuật cấp tỉnh.
Tuy nhiên, khi ngôi nhà cổ vừa được công nhận di tích, sau một thời gian ngắn, một số đoàn khách tò mò ghé tham quan nhưng đến một lần rồi thôi. Theo anh Nguyễn Văn Toàn (cháu rể đời thứ 4 của cụ Trần Ngọc Du, hiện đang ở, trông nom ngôi nhà cổ), từ sau năm 2005 đến nay, các cơ quan chức năng chưa một lần ghé thăm và kiểm tra để có hướng trùng tu hay bảo tồn, dù ngôi nhà bị xuống cấp nghiêm trọng.
Ngày 8-6, có mặt tại nhà cổ Trần Ngọc Du, chúng tôi không khỏi xót xa bởi sự hoang phế của căn nhà cổ rất quý giá này (ảnh). Khu vực sân vườn phía trước hướng ra sông Đồng Nai cây cối mọc um tùm chẳng khác gì một khu vườn hoang. Quanh nhà, rác, bình hoa, mảnh sứ, nồi niêu, bát đũa, ghế gỗ hư hỏng vứt chỏng chơ, nhếch nhác. Ngoài các cây gỗ bị mục nát, hiện mái ngói âm dương của ngôi nhà đã bị hư hỏng nhiều chỗ, chỉ một cơn gió mạnh hoặc động vật chạy qua là bị dồn thành từng đống, tạo nên những khe hở lớn khiến nắng chiếu rọi vào, còn mưa thì dột khắp nơi.
Tại phường Quang Vinh, TP Biên Hòa, tỉnh Đồng Nai còn có một di tích khác đã được xếp hạng cấp tỉnh, cũng đang bị lãng quên, là Thành cổ Biên Hòa, được xem là thành cổ duy nhất ở Đông Nam bộ còn tồn tại đến ngày nay. Năm 2014, UBND tỉnh Đồng Nai đầu tư 41 tỷ đồng cho giai đoạn 1 của dự án trùng tu, tôn tạo di tích nhằm bảo tồn nhà cổ ở phía Đông, nhà cổ phía Tây và hệ thống tường thành... Hiện nay, khu vực xung quanh Thành cổ Biên Hòa, nhất là phía cổng vẫn bị lấn chiếm dùng làm nơi ở và buôn bán vật liệu (Báo SGGP từng phản ánh) nên hầu như không có khách đến tham quan.
Việc các công trình cơi nới, xây dựng trong khuôn viên khiến di tích mất đi vẻ đẹp kiến trúc, giá trị văn hóa, du lịch chưa được lãnh đạo tỉnh Đồng Nai quan tâm giải quyết.
