Vụ án có 254 bị can, nhiều hồ sơ với hơn 286.070 bút lục và 215 luật sư tham gia bào chữa. Thẩm phán Huỳnh Văn Trực, Phó Chánh án Tòa Hình sự được phân công giải quyết vụ án.
Trước đó ngày 22-4, VKSND TPHCM đã ban hành cáo trạng, chuyển hồ sơ sang TAND truy tố 254 bị can về 11 tội danh. Đó là “Đưa hối lộ”, “Nhận hối lộ”, “Môi giới hối lộ”, “Giả mạo trong công tác”, “Sản xuất, mua bán, trao đổi, tặng cho phần mềm để sử dụng vào mục đích trái pháp luật”, “Làm giả tài liệu của cơ quan, tổ chức; Sử dụng tài liệu giả của cơ quan, tổ chức”, “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, “Xâm nhập trái phép vào mạng máy tính, mạng viễn thông hoặc phương tiện điện tử của người khác”, “Tham ô tài sản”, “Lợi dụng, chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Theo cáo trạng, các bị can là lãnh đạo Cục ĐKVN, lãnh đạo các phòng, đến lãnh đạo các trung tâm, chi cục đăng kiểm thống nhất chỉ đạo các đăng kiểm viên cấp dưới, các nhân viên làm việc ở các trung tâm, chi cục nhận tiền từ các chủ xe, chủ tàu. Qua đó bỏ qua lỗi, bỏ qua các điều kiện về chất lượng, an toàn kỹ thuật, an toàn lao động, bảo vệ môi trường... trong đăng kiểm, thẩm định hồ sơ thiết kế.
Tuy nhiên, Trần Kỳ Hình, Đặng Việt Hà (đều là cựu Cục ĐKVN), Nguyễn Vũ Hải (cựu Phó Cục trưởng Cục ĐKVN) đã không thực hiện đúng chức trách, nhiệm vụ, đưa ra chủ trương làm trái quy định và nhận hối lộ số tiền đặc biệt lớn. Điều này dẫn đến sai phạm, tiêu cực mang tính hệ thống, trong thời gian dài tại các phòng trực thuộc Cục ĐKVN, các trung tâm đăng kiểm, chi cục đăng kiểm trên cả nước.
Cáo trạng xác định, bị can Trần Kỳ Hình nhận hối lộ hơn 7,1 tỷ đồng và lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong duyệt cấp thông báo năng lực cho 63 hồ sơ cơ sở đóng tàu không đủ điều kiện.
Bị can Đặng Việt Hà phải chịu trách nhiệm hình sự cho toàn bộ việc nhận hối lộ của cấp dưới là 40 tỷ đồng, trong đó cá nhân ông nhận riêng 8,5 tỷ đồng.