Theo cáo trạng, trong thời gian làm hiệu trưởng từ năm 2009 – 2019, ông Phụ đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn chỉ đạo Đỗ Phú Minh Trí là nhân viên kỹ thuật tin học của nhà trường xóa dữ liệu phần thu tiền học bổng tại 2 khoản thu gồm: Khoản thu ngày 31-12-2011 và khoản thu ngày 31-12-2012. Sau đó, Phụ đã chiếm đoạt số 196 triệu đồng từ 2 khoản thu này sử dụng vào mục đích cá nhân.
Ngoài ra, trong thời gian giữ chức hiệu trưởng, Phụ chỉ đạo nhân viên giữ lại số tiền học bổng của học sinh trong 2 tháng hè (tháng 6 và tháng 7 trong các năm từ 2009 đến tháng 7-2019) với số tiền hơn 11 tỷ đồng từ quỹ ngân sách Nhà nước chi trả cho học sinh. Không chỉ vậy, Phụ còn tự ý sử dụng số tiền trên để tạm ứng, mua sắm, sửa chữa tài sản; để chi phí, biếu quà...
Việc giữ lại tiền Phụ không thông qua hội Hội Phụ huynh học sinh và không tuân thủ quy định về tài chính kế toán; không được quản lý, không theo dõi đầy đủ vào hệ thống sổ sách kế toán của nhà trường. Ngoài ra Phụ cũng không báo cáo, không được sự đồng ý của cơ quan quản lý cấp trên; không được thông qua Ban Giám hiệu, Hội đồng sư phạm nhà trường, cấp ủy chi bộ...
Sau 2 ngày xét xử, HĐXX tuyên phạt bị cáo Huỳnh Văn Phụ 2 năm 6 tháng tù về tội “Tham ô tài sản”; 5 năm 6 tháng tù giam về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. Tổng hình phạt 8 năm tù.
