Theo đó, Nhật Bản cam kết xóa bỏ thuế ngay khi hiệp định có hiệu lực cho 78% kim ngạch xuất khẩu nông sản của Việt Nam (trừ mặt hàng gạo); đa số mặt hàng thủy sản có thế mạnh của Việt Nam được hưởng thuế suất 0% như cá ngừ vây vàng, cá ngừ sọc dưa, cá kiếm, một số loài cá tuyết, surimi, tôm, cua, ghẹ...
Ngoài ra, Nhật Bản sẽ áp dụng hạn ngạch thuế quan, hoặc cắt giảm một phần, hoặc cam kết kèm theo các biện pháp phòng vệ thương mại đối với các mặt hàng thịt trâu bò, heo, sữa, sản phẩm sữa, lúa mì, lúa gạo và các chế phẩm.
Đối với mặt hàng rau quả, mức thuế là 0% vào năm thứ 3 hoặc năm thứ 5 kể từ khi hiệp định có hiệu lực. Toàn bộ các dòng hàng thủy sản không cam kết xóa bỏ thuế trong FTA Việt Nam - Nhật Bản sẽ được xóa bỏ vào năm thứ 6, năm thứ 11 hoặc năm thứ 16 kể từ khi hiệp định có hiệu lực.
