Đại diện công ty cho hay, việc đơn vị tổ chức trung chuyển miễn phí cho hành khách đi tuyến tàu cao tốc TPHCM - Côn Đảo (có đăng ký trước) nhằm tạo thuận lợi cho khách. Tuy nhiên, trong những chuyến tàu đầu tiên đã xảy ra bất cập khiến hành khách hiểu lầm, chưa hài lòng. Cụ thể, chuyến ngày 16-5, rất nhiều khách không đăng ký xe trung chuyển nhưng lên xe khiến những khách đã đăng ký bức xúc vì chờ đợi quá lâu. Đơn vị nhận thấy chưa có kinh nghiệm trong tổ chức hoạt động vận chuyển đường bộ nên sẽ kết nối với một số công ty chuyên vận tải đường bộ, trung chuyển... để phục vụ tốt hơn. Tuy nhiên, hiện tại vẫn chưa thống nhất chọn lựa.
Tàu cao tốc TPHCM - Côn Đảo chính thức khai trương vào ngày 13-5. Người dân tự đi từ trung tâm TPHCM ra bến cảng Sài Gòn - Hiệp Phước có thể đi theo đường Nguyễn Hữu Thọ - đường số 1 - cầu Đồng Điền - đường số 14 - đường số 11 - đường D3 - bến cảng Sài Gòn - Hiệp Phước. Phí ra - vào cảng là 70.000 đồng/khách (theo quy định của Bộ GTVT). Phí giữ xe máy trong ngày là 10.000 đồng/lượt, xe ô tô là 30.000 đồng/lượt.
