Theo đơn vị này, Sở GTVT TPHCM ngưng cấp phép cho các cảng sông là thực hiện theo Thông tư 50 của Bộ GTVT (có hiệu lực từ ngày 1-1-2015). Thông tư này quy định việc cấp phép bến thủy nội địa phải có hồ sơ thiết kế kỹ thuật, hoặc báo cáo kinh tế - kỹ thuật đầu tư xây dựng được duyệt và phải nằm trong quy hoạch bến cảng thủy.
Trong khi đó, từ hàng chục năm nay, hầu hết doanh nghiệp làm cảng sông tại TPHCM chỉ lợi dụng điều kiện tự nhiên để mở cảng xếp dỡ hàng hóa, chứ không đầu tư xây dựng bài bản.
Tính đến tháng 11-2017, trên địa bàn TP có 112 bến thủy nội địa hết hạn giấy phép và không được cấp giấy phép mới. Năm 2018 sẽ có hơn 200 bến thủy nội địa hết hạn giấy phép và sẽ không được cấp giấy phép mới. Những các cảng này nếu tiếp tục hoạt động sẽ bị xử phạt.
Theo Cảng vụ đường thủy nội địa, các bến thủy nội địa ở TPHCM xếp dỡ khoảng 30 triệu tấn hàng hóa/năm đi các tỉnh Nam bộ. Vì vậy, việc ngưng cấp phép và cảng ngừng hoạt động sẽ gây thiệt hại cho kinh tế TP. Do đó, Cảng vụ đường thủy nội địa TPHCM đã có văn bản đề xuất Sở GTVT cấp phép tạm thời cho các cảng này hoạt động.
