Theo đó, các doanh nghiệp Nhật Bản kiến nghị xem xét giảm tần suất lấy mẫu. Hiện có nhiều trường hợp không đảm bảo tính minh bạch của việc lấy mẫu hàng hóa, như nội dung lấy mẫu thực tế khác với nội dung ghi trong văn bản, lấy mẫu với lượng nhiều hơn mức cần thiết, lấy mẫu từ bộ phận có giá trị lớn một cách không cần thiết hoặc lấy hàng mẫu thử. Nhiều lô hàng thực phẩm khi thông quan thì hải quan Việt Nam không chấp thuận giá trong hóa đơn và yêu cầu sửa đổi giá khai thuế.
Các doanh nghiệp Nhật Bản mong muốn được thông báo bằng văn bản về việc có đủ căn cứ để cho rằng giá sau khi sửa đổi đó là giá tính thuế thỏa đáng. Hiện còn tồn tại một số trường hợp cùng một hàng hóa, sản phẩm, tuy đã phân tích tại các cơ sở kiểm nghiệm do Chính phủ chỉ định nhưng lại cho ra kết quả khác biệt, thời gian phân tích kéo dài. Gần đây nhất là việc lúa mì nhập vào Việt Nam nếu có lẫn hạt cỏ Cirsium arvense buộc phải tái xuất.
Giải đáp thắc mắc của doanh nghiệp Nhật Bản, các cơ quan quản lý Việt Nam thông tin, Việt Nam luôn tạo điều kiện cho doanh nghiệp trong và ngoài nước hoạt động nhưng phải theo quy định pháp luật Việt Nam; những quy định nhập khẩu đều phù hợp với quy định, công ước quốc tế. Thông tư kiểm dịch hiện nay đã giảm kiểm dịch 80% lô hàng nhập vào Việt Nam.
Đối với sản phẩm có nguy cơ ảnh hưởng đến vệ sinh an toàn thực phẩm, cần phải kiểm tra, còn sản phẩm chế biến thì không cần. Hiện nay, nhiều sản phẩm nhập khẩu vào Việt Nam có giá thành thị trường thấp hơn so với cùng sản phẩm của nhiều nước, nên Việt Nam phải đưa ra một giá sàn chung với từng sản phẩm. Đối với cơ sở kiểm nghiệm phân tích, chưa ghi nhận trường hợp cùng sản phẩm mà kết quả phân tích khác nhau. Nếu có trường hợp khác biệt, doanh nghiệp Nhật Bản cung cấp thông tin cụ thể để rà soát lại.
Trường hợp hạt cỏ Cirsium arvense, tháng 5-2018, cơ quan kiểm dịch đã gửi văn bản đối với nước xuất khẩu lúa mì kiểm soát tại cửa khẩu đối với loại cỏ này khi nhập về Việt Nam theo Công ước quốc tế về bảo vệ thực vật, để bảo vệ nền sản xuất trong nước. Kết quả hiện nay cho thấy, nhiều lô hàng lúa mì nhập về Việt Nam đã không có loại cỏ này. Nếu lô hàng có loại cỏ này buộc phải tái xuất.
