Các vi phạm trong lĩnh vực đầu tư, cho tới việc đặt các trạm thu phí giao thông có nhiều bất cập khiến người dân phải né trạm thu phí, đi vào đường ngang, ngõ tắt gây hư hại hệ thống giao thông địa phương, gây nguy cơ mất an toàn giao thông; đồng thời cũng tạo nên gánh nặng về kinh tế không nhỏ cho doanh nghiệp. Thanh tra Chính phủ vừa có kết luận về việc đầu tư, quản lý các dự án dự án theo hình thức hợp đồng xây dựng - chuyển giao (BT) và hợp đồng xây dựng - kinh doanh - chuyển giao (BOT) thuộc lĩnh vực giao thông tại Bộ GTVT với 7 dự án, gồm: Tuyến đường Đèo Phước Tượng - Phú Gia, Nâng cấp tuyến Pháp Vân - Cầu Giẽ, Xây dựng đường Hòa Lạc - Hòa Bình, Cải tạo nâng cấp quốc lộ 6 (đoạn Xuân Mai - Hòa Bình), Khôi phục cải tạo quốc lộ 20 (Km123+105 đến Km268), Đầu tư xây dựng Thái Nguyên - Chợ Mới, Nâng cấp quốc lộ 38 (đoạn qua Bắc Ninh và Hải Dương). Trong số 7 dự án giao thông này có 5 dự án BOT, 1 dự án BT, 1 dự án kết hợp cả BOT và BT. Kết luận thanh tra nêu rõ, trong quá trình xây dựng, Bộ GTVT thực hiện không đầy đủ quy trình xây dựng và công bố danh mục dự án kêu gọi đầu tư theo quy định. Trong các dự án BOT và BT, Bộ GTVT không lựa chọn được nhà đầu tư nào theo hình thức đấu thầu, 100% đều là chỉ định thầu với lý do chỉ có một nhà đầu tư tham gia hoặc do tính cấp bách của dự án. Tuy nhiên, Bộ GTVT không có quy trình, thủ tục đánh giá hay xác định thế nào là cấp bách. Một số nhà đầu tư được lựa chọn có năng lực hạn chế, không đáp ứng yêu cầu của dự án. Thanh tra Chính phủ còn phát hiện kết quả kiểm tra tổng mức đầu tư có nhiều sai lệch nên vốn đầu tư xác định cho hợp đồng dự án không chính xác. Qua 7 dự án trên, các nhà đầu tư phê duyệt sai tăng về đơn giá định mức, chế độ tiền lương, phụ cấp hoặc các yếu tố phát sinh không đúng thực tế với số tiền 316 tỷ đồng. Đáng chú ý, Thanh tra Chính phủ cũng chỉ rõ, hầu hết dự án BT và BOT thực hiện tại các khu vực giao thông trọng yếu, có mật độ tham gia giao thông lớn, đặt các trạm thu phí có khoảng cách gần nhau, giá phí cao, tăng nhanh khiến người tham gia giao thông không còn sự lựa chọn nào khác, điển hình là tại Hà Nội, Thái Bình, Hòa Bình và một số địa phương khác. Thực trạng trên dẫn đến việc người dân né trạm thu phí, đi vào đường ngang, ngõ tắt gây hư hại hệ thống giao thông địa phương, nguy cơ mất an toàn giao thông. Tệ hơn, việc xác định phương án, doanh thu tài chính thiếu chính xác đã gây ra gánh nặng cho người dân và doanh nghiệp. Mặt khác, Bộ GTVT khi phê duyệt dự án đã ghép việc cải tạo với đầu tư xây dựng đường mới thành một dự án rồi đặt hai trạm thu phí tại hai nơi gây ra sự bất hợp lý. Bất hợp lý này được thể hiện rõ tại tuyến đường Thái Nguyên - Chợ Mới (Bắc Kạn) dài 28km nhưng quyết định đầu tư BOT Thái Nguyên - Chợ Mới đã phê duyệt lên tới 40,7km, trong đó bao gồm cả việc nâng cấp cải tạo từ Km93 đến Km100 thuộc QL 3 cũ. Theo quy định, việc cải tạo đường cũ phải thực hiện bằng nguồn Quỹ bảo trì đường bộ. Như vậy, Bộ GTVT phê duyệt ghép vào là không đúng. Đối với dự án nâng cấp đường Pháp Vân - Cầu Giẽ giai đoạn 1, Thanh tra Chính phủ cho hay, giai đoạn này dự án chỉ sửa chữa, cải tạo, nhưng giá phí thu tương đương với giá thu đường cao tốc xây dựng mới Cầu Giẽ - Ninh Bình (1.500 đồng/km). Điều này là không hợp lý, cần làm rõ trách nhiệm của tập thể, cá nhân. Việc phê duyệt và triển khai dự án đã không lường hết những bất cập về hệ thống thu phí, dẫn đến bất hợp lý khi kết nối với tuyến đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình, bất tiện cho người tham gia giao thông và ùn tắc nghiêm trọng tại các thời điểm mật độ giao thông cao. Do vậy, đến nay, dự án buộc phải khắc phục thay thế bằng phương án thu phí tự động và bỏ trạm thu phí Đại Xuyên. Qua thanh tra, Thanh tra Chính phủ chỉ rõ Bộ GTVT phải chịu trách nhiệm về việc quyết định đầu tư dự án, phương án thu phí bất hợp lý, phê duyệt tổng mức đầu tư sai lệch. Bộ Tài chính chịu trách nhiệm liên quan đến việc thu phí chưa hợp lý, thỏa thuận việc đặt trạm thu phí chưa đảm bảo nguyên tắc. Qua đó, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng yêu cầu Bộ GTVT và Bộ Tài chính phải kiểm điểm và xử lý trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân có liên quan về việc quyết định đầu tư dự án, phương án thu phí bất hợp lý, phê duyệt tổng mức đầu tư sai lệch, lựa chọn nhà đầu tư, ký kết hợp đồng thiếu chặt chẽ và thu phí chưa hợp lý, thỏa thuận việc đặt trạm thu phí chưa đảm bảo nguyên tắc.
Tính đến tháng 9-2015, Bộ GTVT đã triển khai thực hiện 78 dự án đầu tư theo hình thức BT và BOT trong lĩnh vực giao thông với chiều dài khoảng 2.200km, tổng mức đầu tư khoảng gần 219.000 tỷ đồng (trên 202.000 tỷ đồng là các dự án BOT). Kết luận của Thanh tra Chính phủ xác định trong 78 dự án đầu tư theo hình thức BOT và BT tại Bộ GTVT không lựa chọn được nhà đầu tư nào theo hình thức đấu thầu, 100% đều là chỉ định thầu với lý do chỉ có một nhà đầu tư tham gia hoặc do tính cấp bách của dự án.