Nguyên nhân ùn ứ xe trong hầm là do lượng xe cộ lưu thông qua hầm ngày càng tăng cao, và ở 2 cửa hầm hay bị ùn tắc giao thông. Buổi sáng, ngoài cửa hầm phía quận 1 (trên tuyến từ quận 2 vào quận 1) có một lượng lớn ô tô di chuyển vào đường Phó Đức Chính cắt đầu làn xe máy, khiến xe máy bị ùn ứ trong hầm. Buổi chiều, ngoài cửa hầm phía quận 2 (trên tuyến từ quận 1 sang quận 2), do xe máy di chuyển chậm khi gần đến điểm dừng đèn đỏ nên cũng gây ùn tắc xe máy trong hầm.
Tình trạng ùn ứ xe trong hầm khiến việc lưu thông khó khăn, nguy hiểm, bởi đường dốc, ánh sáng kém nên dễ lạc tay lái dẫn đến va quẹt xe. Trong hầm âm thanh rất ồn, thiếu không khí, dẫn đến ù tai, nhức đầu. Nhiều người thấy hầm ùn ứ xe đã bất chấp đường một chiều mà quay xe lại để đi đường khác, gây cảnh hỗn loạn trước cửa hầm. Cần nghiên cứu phân luồng phù hợp hơn để đảm bảo lưu thông qua hầm thuận lợi và an toàn.
