Trước đó, lúc 3 giờ ngày 9-7, tại đường sắt số 3, tàu hàng SH3 (chạy hướng Bắc - Nam) đang dừng tại Ga Nha Trang để chờ tránh tàu. Trong khi đó, tàu SE26 (chạy hướng Nam – Bắc) theo kế hoạch sẽ được đón vào đường số 2 tại Ga Nha Trang để hành khách lên xuống ga.
Thế nhưng, thay vì hướng tàu SE26 vào đường sắt số 2 (tín hiệu chuyển hướng tàu SE26 vào đường sắt số 2 đã bật) nhưng nhân viên trực chạy tàu khi đó đã nhầm lẫn nên vẫn đặt thông vào đường số 3.
Thời điểm tàu SE26 chuẩn bị vào ga thì nhân viên trực ghi mới phát hiện tàu chạy sai hướng đi vào đường số 3 đang có tàu hàng SH3. Nhân viên này mới bật đèn yêu cầu dừng tàu, sau đó chuyển hướng ghi vào đường sắt số 2.
Theo lãnh đạo Ga Nha Trang, đặc điểm của ga là cả 2 hướng Bắc – Nam đều vào cùng 1 hướng như hình bóng đèn sợi đốt. Do đó các tàu vào ga đều phải chạy với tốc độ tối đa chỉ 15km/ giờ. Chính vì vậy khi phát hiện sự cố nhân viên đã kịp thời điều chỉnh, không để xảy ra sự cố đáng tiếc.
Lãnh đạo Ga Nha Trang cũng nhận định đây là vấn đề liên quan đến an toàn đường sắt với trách nhiệm của mình, đơn vị đã báo cáo sự việc lên cấp trên, đồng thời yêu cầu kíp trực gồm nhân viên trực ban chạy tàu và 2 nhân viên trực ghi viết giải trình. Hiện Tổng công ty Đường sắt Việt Nam đang yêu cầu các đơn vị vào cuộc phân tích nguyên nhân, xử lý trách nhiệm.
Đây là lần thứ 2 trong năm 2018 xảy ra sự cố 2 đoàn tàu suýt đâm nhau khi ga đón cùng lúc 2 tàu vào một đường. Vụ thứ nhất xảy ra ngày 27-2 tại ga Dầu Giây, tàu SE25 đã chạy thông qua ga Dầu Giây vào khu gian Dầu Giây - Trảng Bom khi tàu ASY2 đã có lệnh chạy vào khu gian này.
