Điển hình như vụ truy thu, xử phạt gần 1 tỷ đồng tiền thuế từ 7 lô hàng nhập khẩu, trị giá trên 3,6 tỷ đồng của Công ty TNHH MTV Đ.R. Công ty khai sai mã số hàng hóa đối với mặt hàng bình ắc quy khô cho xe nâng điện với thuế nhập khẩu ưu đãi 0%, trong khi mã hàng này có thuế suất nhập khẩu 20%, thuế giá trị gia tăng (VAT) 10%.
Chi cục Hải quan cửa khẩu Cảng Sài Gòn khu vực 1 cũng đang xem xét xử phạt Công ty CP In T. khai báo sai mã số thuế dẫn đến thiếu số thuế phải nộp. Công ty CP In T. mở 6 tờ khai hải quan nhập khẩu giấy các loại, trị giá trên 32 tỷ đồng. Kiểm tra sau thông quan, hải quan phát hiện doanh nghiệp khai sai mã số, thuế suất hàng thực nhập. Doanh nghiệp đề nghị được khai bổ sung, nộp thuế gần 3,6 tỷ đồng (thuế nhập khẩu và thuế VAT).
Ngoài truy thu số thuế thiếu, Chi cục Hải quan cửa khẩu Cảng Sài Gòn khu vực 1 đã ra quyết định phạt chậm nộp hơn 1 tỷ đồng, tăng thu cho ngân sách trên 4,6 tỷ đồng.
Trước đó, tháng 3-2020, đơn vị này đã xử phạt Công ty TNHH Đ.S. (quận Tân Bình, TPHCM) hơn 136 triệu đồng và truy thu gần 700 triệu đồng tiền thuế, do doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu làm phân bón nhưng khai sai mã số hàng hóa.