Theo nội dung kết luận thanh tra, thời kỳ trước năm 2013, đền Chợ Củi hoạt động theo tín ngưỡng tự phát của người dân, do UBND xã Xuân Hồng và một số hộ dân xung quanh khu vực đền tự quản lý. Năm 2011, UBND huyện Nghi Xuân đã thành lập Ban quản lý di tích đền Chợ Củi, song không hoạt động thường xuyên, giao toàn bộ việc quản lý đền hàng ngày cho thủ nhang... Do đó, địa phương không biết được cụ thể, không quản lý được nguồn thu từ di tích (do nhân dân cả nước công đức, tiến cúng, đặt tiền lễ, tiền giọt dầu tại đền) và sử dụng nguồn kinh phí đó không rõ ràng, minh bạch. Công tác quản lý nhà nước đối với di tích và lễ hội chưa phát huy rõ vai trò.
Đến năm 2014, sau khi UBND tỉnh Hà Tĩnh phê duyệt đề án quản lý và tổ chức các hoạt động tại di tích đền Chợ Củi, UBND huyện Nghi Xuân đã thành lập lại Ban quản lý di tích đền Chợ Củi trực thuộc UBND huyện, là đơn vị sự nghiệp có thu, có con dấu và tài khoản riêng. Tổng số kinh phí mà Ban quản lý di tích thu được từ năm 2014 đến 31-12-2022 là hơn 19 tỷ đồng. Trong đó, tiền thu công đức do các gia đình thủ nhang (ông N.S.Q và ông N.S.H) nộp là 17,9 tỷ đồng; tiền thu từ dịch vụ giữ xe 1,178 tỷ đồng; thu khác 21,6 triệu đồng.
Kết luận thanh tra khẳng định: “Ban quản lý di tích đền Chợ Củi không thể hiện được vai trò quản lý, không thực hiện đúng chức năng nhiệm vụ như trong Đề án được UBND tỉnh phê duyệt... Ban quản lý không trực tiếp tham gia giám sát, kiểm kê nguồn thu công đức, không có quy chế phân cấp rõ ràng cụ thể về nguồn thu, nhiệm vụ chi mà giao hoàn toàn cho gia đình thủ nhang thực hiện, dẫn đến Ban quản lý di tích không nắm được số liệu thực tế các khoản thu, chi của gia đình thủ nhang, không quản lý được số lao động thực tế phục vụ tại đền. Việc này dẫn đến số liệu tài chính kế toán bị phân tán theo nhiều hệ thống sổ sách, không thống nhất và không phù hợp với quy định…”.
Theo kết luận thanh tra, hiện nay, đền Chợ Củi chỉ sử dụng theo hiện trạng khuôn viên đã có trước khi quy hoạch, phần lớn các hạng mục công trình chưa được đầu tư xây dựng theo đúng quy hoạch đã duyệt; diện tích đất quy hoạch chưa được cắm mốc và chính quyền địa phương chưa ban hành các quy định quản lý quy hoạch dẫn đến xảy ra việc cơi nới, vi phạm chỉ giới quy hoạch, chỉ giới giao thông... Cá biệt phía mép bờ sông bên ngoài đường vào di tích (phía Bắc đền) có 12 ki ốt do các hộ gia đình tự ý xây dựng trái phép, hiện đang kinh doanh; các ki ốt này nằm trên phần đất thuộc quyền quản lý của nhà nước và vi phạm hành lang bảo vệ bờ sông Lam...
Kết luận thanh tra cũng chỉ rõ, Sở VH-TT-DL, UBND huyện Nghi Xuân, Ban quản lý di tích đền Chợ Củi, UBND xã Xuân Hồng do chưa thực hiện đầy đủ chức năng, vai trò, trách nhiệm trong công tác quản lý nhà nước được giao, dẫn đến những bất cập, tồn tại tại di tích đền Chợ Củi.
UBND tỉnh Hà Tĩnh giao UBND huyện Nghi Xuân chủ trì, phối hợp với các sở, ngành có liên quan xây dựng và ban hành quy chế quản lý phù hợp, hiệu quả tại khu di tích. Đến hết ngày 5-1-2024, chấm dứt việc khoán công tác quản lý tiền công đức của đền Chợ Củi cho hộ gia đình thủ nhang. Thành lập Hội đồng quản lý, kiểm kê hàng ngày hoặc hàng tuần và nộp tiền công đức vào ngân sách để quản lý việc thu, chi theo đúng quy định pháp luật.
Đối với các gia đình thủ nhang, yêu cầu chấm dứt việc chiếm hữu, quản lý khu vực nội tự của đền Chợ Củi, bàn giao cho Ban quản lý dịch vụ công ích và các điểm du lịch huyện Nghi Xuân chậm nhất là ngày 15-1-2024. Nếu các gia đình thủ nhang không thực hiện bàn giao theo đúng thời hạn, giao UBND huyện Nghi Xuân tổ chức cưỡng chế việc bàn giao và thực hiện quản lý toàn bộ di tích đền Chợ Củi theo đúng quy định pháp luật.
Trước những bất cập, tồn tại xảy ra tại di tích đền Chợ Củi, UBND tỉnh Hà Tĩnh cũng đã yêu cầu xử lý trách nhiệm của các cá nhân, tập thể có liên quan.
Đền Chợ Củi được Bộ Văn hóa Thông tin (nay là Bộ VH-TT-DL) xếp hạng Di tích lịch sử kiến trúc nghệ thuật cấp Quốc gia năm 1993. Đây là công trình kiến trúc độc đáo, cổ kính được khởi dựng từ thời nhà Lê Sơ, tọa lạc dưới chân núi Ngũ Mã bên bờ sông Lam. Đền là di tích văn hóa tâm linh thuộc sở hữu chung của cộng đồng dân cư, không phải là nơi thờ tự riêng của hộ gia đình, cá nhân hay của một dòng họ nào.
