Việc thanh kiểm tra đã được thực hiện theo phương thức nhận diện rủi ro hồ sơ khai thuế ngay tại trụ sở cơ quan thuế. 100% doanh nghiệp được phân tích rủi ro để nhận diện doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế như có dấu hiệu trốn lậu thuế, gian lận thương mại, chuyển giá trước khi tiến hành thanh kiểm tra.
6 tháng đầu năm, Cục Thuế Hà Nội cũng đã chuyển 624 hồ sơ đề nghị công an xác minh hơn 5.600 hóa đơn có dấu hiệu mua bán bất hợp pháp với tổng tiền thuế hơn 38 tỷ đồng. Ngoài ra, Cục Thuế Hà Nội cũng căn cứ vào các kiến nghị, kết luận của cơ quan kiểm toán, thanh tra cấp trên truy thu hơn 9.300 tỷ đồng của hơn 1.150 đơn vị vi phạm trong giai đoạn 2010-2018. Từ đó Cục Thuế đôn đốc nộp ngân sách nhà nước 9.050 tỷ đồng của hơn 1.100 đơn vị (số còn lại chỉ 265 tỷ đồng của 44 đơn vị sẽ được tiếp tục đôn đốc thu trong thời gian sớm nhất).
Bên cạnh đó, Cục Thuế Hà Nội cũng phối hợp với cơ quan Bảo hiểm xã hội và Liên đoàn Lao động thực hiện kiểm tra về trích đóng bảo hiểm xã hội và kinh phí công đoàn. Qua đó phát hiện gần 650 tổ chức, doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm về trích nộp bảo hiểm xã hội và vi phạm về trích nộp kinh phí công đoàn.
