Năm 1975, ngay sau ngày giải phóng Sài Gòn, ông được Trung ương Đảng điều động vào Nam và được Trung ương Cục phân công về Ban Tuyên huấn, phụ trách Tiểu ban khoa học. Ông cùng Giáo sư Ca Văn Thỉnh và nhiều cán bộ bộ cốt cán chủ yếu từ Ủy ban Khoa học xã hội Việt Nam xây dựng và phát triển Viện khoa học xã hội miền Nam, nay là Viện Khoa học Xã hội vùng Nam bộ.
Với cương vị Phó Viện trưởng thứ nhất, với tác phong nhà khoa học nghệ sĩ vừa uyên bác vừa bình dị, thân thiết ông đã chiêu mộ, tuyển chọn được một lực lượng tri thức đông đảo từ nhiều nguồn đào tạo khác nhau để hình thành các đơn vị, các ngành khoa học vừa sát hợp với thực tiễn miền Nam vừa được giải phóng vừa phù hợp với xu hướng phát triển của khoa học xã hội hiện đại.
Đồng thời, với kinh nghiệm của người làm công tác thông tin tuyên truyền từ Cách mạng Tháng Tám và kháng chiến chống Pháp và với sức làm việc trời cho, ông đã liên tục viết bài cho báo Sài Gòn Giải phóng và các báo khác. Cũng trong thời gian này, ông đã biên soạn và xuất bản những quyển sách về những vấn đề mà xã hội miền Nam lúc bấy giờ đang quan tâm như “Dân chủ là gì”, “Cách mạng tư tưởng và văn hóa”, “Đạo đức và cách mạng”, “Nghệ thuật và cách mạng”.
Sau 2 năm làm việc tại TPHCM, Giáo sư Vũ Khiêu được điều động trở lại Hà Nội để nhận nhiệm vụ Phó Chủ nhiệm Ủy ban Khoa học Xã hội Việt Nam. Với cương vị mới, ông tiếp tục theo dõi công tác và thường xuyên góp ý kiến với Viện Khoa học xã hội tại TPHCM trong các hoạt động xây dựng và nghiên cứu, đào tạo.
Đối với miền Nam trước ngày giải phóng cũng như từ sau ngày giải phóng cho đến cuối đời, Giáo sư Vũ Khiêu đã dành khối óc và trái tim của mình để phục vụ mảnh đất thiêng liêng này của Tổ quốc. Ông tiếp tục viết nhiều trang sách, báo dưới mọi thể loại: lý luận, tùy bút và nhiều câu đối, văn bia ngợi ca khí tiết anh hùng và phẩm chất văn hóa ở nhiều địa phương miền Nam. Ông luôn tâm niệm, đây là mảnh đất sinh sống của những con người Việt Nam kiên cường bất khuất, thông minh và hào hiệp, những con người phát huy truyền thống của dân tộc trong một hoàn cảnh đầy khó khăn và thử thách.
Sản phẩm lao động của Giáo sư Vũ Khiêu trong vài thập niên gần đây là kết quả của sự lao động miệt mài đầy tâm huyết và trí tuệ làm nổi bật chủ đề “Hào khí Đồng Nai và Thành đồng Tổ quốc”. Trong đó, những văn bia do ông phụng thảo được khắc ghi sâu đậm trong lòng người Nam bộ. Văn bia tại miếu Trấn Biên về Hào khi Đồng Nai là sự đúc kết khí phách anh hùng hào kiệt của bao thế hệ, bao tầng lớp người dân Việt nối tiếp nhau từ Thăng Long, Thanh Nghệ Tĩnh, Phú Xuân, Thuận Quảng vào khai hoang mở cõi với dấu ấn lịch sử Mô Xoài – Đồng Nai – Gia Định “Rừng rậm đầm lầy, việc khai phá biết bao gian khổ / Bão giông sấm sét đã lắm tai tương / Rắn rết hùm beo còn nhiều hung dữ / Trải bao huyết hãn, đất khô cằn cũng hóa phì nhiêu/ Trải mấy ưu tư, miền hoang dại đã thành trù phú”.
Rồi qua bao phong ba bão táp chống lại quân xâm lược để giữ cõi, bảo vệ chủ quyền quốc gia, hào khí Đồng Nai đã tôn tạo “Việt Nam cao như cột chống trời”, kiên cường như “vàng thử lửa” trở thành “Thành đồng Tổ quốc” và tiếp tục tỏa sáng, rực ánh hào quang. Lên chiến khu Tây Ninh, những năm đầu thế kỷ XXI, nhà giáo Vũ Khiêu đã cùng đồng nghiệp đến tưởng niệm các nhà giáo hy sinh trên chiến trường Nam bộ “Dâng bó hoa, khó nén lòng đau / Rót ly rượu, khôn cầm lệ nhỏ” và tôn vinh “Đạo làm thầy mãi mãi nêu cao / Gương trí thức đời đời sáng tỏ".
Trong thập niên vừa rồi, Giáo sư Vũ Khiêu đã gắn bó với TPHCM rực rỡ tên vàng, trung tâm của Thành đồng Tổ quốc trong sự nghiệp “uống ước nhớ nguồn” tôn vinh truyền thống.
Vào dịp giỗ tổ Hùng vương năm 2009, tại Khu tưởng niệm các vua Hùng ở quận 9, văn bia do Giáo sư Vũ Khiêu phụng thảo đã hướng hàng người nườm nượp đến “Trước đền đài tráng lệ uy nghi / Giữa trời đất bao la hùng vĩ / Thắp nén hương dâng Tổ Hùng vương / Cùng cả nước vui ngày quốc lễ / Con dân nghìn dặm, cũng nhớ tổ tông / Già trẻ một lòng, không quên cội rễ”.
Lời văn bia đã thẩm thấu vào lòng dạ các bậc con cháu Lạc Hồng về lịch sử oai hùng của dân tộc Việt Nam, nhủ lòng thề nguyện “Coi sơn hà xã tắc là thiêng / Lấy độc lập tự do làm quý” để xây “quốc gia hùng mạnh văn minh”, “Tổ quốc thành đồng, lưu truyền vạn thế”.
Tại Ngã Ba Giồng – di tích lịch sử Nam kỳ Khởi nghĩa đầy oanh liệt, đau thương, Giáo sư Vũ Khiêu đã phụng thảo văn bia tưởng niệm “hồn liệt sĩ linh thiêng bốn mùa tám tiết”, “chiếu rọi trăm núi nghìn sông” để “Trong đau thương mất mát trầu vẫn xanh, cau vẫn thẳm / Mãi rạng danh thành phố tên Người”.
Ở Củ Chi đất thép, hiện thân của “chí thép” của dân tộc Việt Nam trong cuộc trường chinh cứu nước vĩ đại, nơi có Khu truyền thống cách mạng Sài Gòn – Chợ Lớn – Gia Định mới được khánh thành chưa lâu. Dù tuổi tác đang tiến cận về “bách niên” Giáo sư Vũ Khiêu vẫn cùng hơn 50 người thuộc những thế hệ nhỏ tuổi hơn tham gia sáng tác văn bia và bài văn của ông đã đạt giải cao nhất, được lựa chọn để khắc bia tưởng niệm.
Những văn bia do Giáo sư Vũ Khiêu phụng thảo đều thấm đượm tài cao, tình sâu, tâm huyết, sức lao động bền bỉ của một trí thức anh hùng. Khi đã nhận nhiệm vụ, ông không quản tuổi cao, ngày đêm suy tư với kho tư liệu phong phú. Ông nhập tâm, nhập vai vào những đối tượng cụ thể để sáng tác nên những bài văn bia bi hùng. Ông cần mẫn trong việc soạn thảo và khiêm tốn tham khảo ý kiến mọi người để cố gắng hoàn thiện ở mức tối đa trong điều kiện cho phép… Tài cao, tình sâu, tâm huyết, phong cách đẹp của Anh hùng lao động Vũ Khiêu dành cho nhân dân Thành phố mang tên Bác Hồ, cho Nam bộ Thành đồng Tổ quốc thật vô cùng trân quý.
Bác Vũ Khiêu đã đi xa, trong điều kiện đại dịch Covid- 19 phải “giãn cách”, giao thông đứt tuyến…, không ra Hà Nội tiễn biệt người Thầy bậc cha chú được, cháu xin có mấy dòng nhớ Bác như nén nhang thơm dâng lên hương hồn bác – Giáo sư, Anh hùng lao động Vũ Khiêu.